Please use this identifier to cite or link to this item: http://hdl.handle.net/1843/53745
Type: Dissertação
Title: Systematic review of non-viral STIs for therapeutic and preventative status leads to the development of a multi-epitope vaccine against treponema pallidum: a bioinformatics approach
Other Titles: Revisão sistemática de ISTs não-virais para seu status terapêutico e preventivo leva ao desenvolvimento de uma vacina multi-epítopo contra treponema pallidum: uma abordagem baseada em bioinformática
Authors: Lucas Gabriel Rodrigues Gomes
First Advisor: Vasco Ariston de Carvalho Azevedo
First Co-advisor: Arun Kumar Jaiswal
metadata.dc.contributor.advisor-co2: Roselane Gonçalves dos Santos
First Referee: Raquel Cardoso de Melo Minardi
Second Referee: Bruno Silva Andrade
Third Referee: Rodrigo Dias de Oliveira Carvalho
Abstract: According to the World Health Organization (WHO), Sexually Transmitted Infections (STIs) are a major worldwide public health concern, with over a million new cases of infection every day. Approximately 374 million people per year are infected by one of four curable non-viral STIs: Syphilis, Gonorrhea, Chlamydia, and Trichomoniasis. Despite the availability of diagnostic tests and treatments for these maladies, they continue to burden health systems globally, particularly within vulnerable populations. A compounding factor in the continuing spread of bacterial STIs is the unavailability of vaccines for these infections, the development of which would be vital in combating them on a global scale. This work aimed to review the current state of the literature on the application of bioinformatics to develop new vaccines, drugs, and diagnostic methods for non-viral STIs. We have identified areas in which research efforts have been concentrated, such as Neisseria gonorrhoeae and Chlamydia trachomatis, but have also found that other pathogens, such as Treponema pallidum and Trichomonas vaginalis, have received less attention. In addition, this study aimed to develop a multi-epitope vaccine for T. pallidum, the causative agent for syphilis, based on vaccine candidates previously determined through reverse vaccinology. This vaccine was designed by selecting immunogenic epitopes from proteins selected from T. pallidum that are capable of eliciting an immune response from the host. These epitopes are joined into a chimeric peptide sequence that is then subjected to immunological analyses. The chimeric protein’s physico-chemical properties and immunogenic characteristics were determined and then modeled based on its sequence and predicted structure to determine its safety and immunogenicity. Molecular docking and dynamics analyses were performed to determine its capacity to bind to the human TLR-2 and the stability of said receptor-ligand binding interactions. An in silico immune simulation was conducted to model the protein’s immunogenic effects. Finally, the sequence was reverse-translated into its respective DNA sequence for expression in Escherichia coli K12, and the resulting gene was cloned in silico into the pET28a(+) plasmid vector. This multi-epitope vaccine shows promise as a potential vaccine candidate for syphilis but must be tested in vitro and in vivo to validate these findings.
Abstract: De acordo com a Organização Mundial da Saúde (OMS), Infecções Sexualmente Transmissíveis (ISTs) são uma preocupação de saúde pública significativa, com mais de um milhão de novos casos a cada dia. Aproximadamente 374 milhões de pessoas por ano contraem uma de quatro ISTs não-virais tratáveis: Sífilis; Gonorréia; Clamídia; e Tricomoníase. Apesar da disponibilidade de testes diagnósticos e tratamentos para essas condições, elas continuam sendo um peso em sistemas de saúde globais, particularmente dentre populações vulneráveis. Um fator agravante associado à disseminação de ISTs bacterianas é a indisponibilidade de vacinas para essas infecções, o desenvolvimento das quais seria vital para combatê-las em escala global. Este trabalho buscou revisar o atual estado da arte na aplicação da bioinformática no desenvolvimento de novas vacinas, drogas e métodos diagnósticos para ISTs não-virais. Nós identificamos áreas em que esforços de pesquisa foram concentrados, como Neisseria gonorrhoeae e Chlamydia trachomatis, mas também descrevemos que outros patógenos, como Treponema pallidum e Trichomonas vaginalis, receberam menos atenção. Adicionalmente, este estudo buscou desenvolver uma vacina multi-epítopo para T. pallidum, agente causador da sífilis, com base em candidatos vacinais determinados através da vacinologia reversa. Esta vacina foi projetada selecionando epítopos imunogênicos de proteínas selecionadas de T. pallidum que são capazes de provocar resposta imune do hospedeiro. Estes epítopos foram concatenados em uma sequência de peptídeo quimérica, que foi sujeita a análises imunológicas. As propriedades físico-químicas e características imunológicas da proteína foram determinadas e modeladas com base na sua sequência e estrutura predita, com intenção de determinar sua segurança e imunogenicidade. Acoplamento e dinâmica moleculares foram realizados para determinar sua capacidade de ligar ao TLR-2 humano e a estabilidade das interações no complexo. Uma simulação imune in silico foi conduzida para modelar os efeitos imunogênicos da proteína quimera. Finalmente, a sequência passou por tradução reversa para se obter a sequência respectiva de DNA para expressão em Escherichia coli K12, e o gene resultante foi clonado no vetor plasmidial pET28a(+). A vacina multi-epítopo resultante é um promissor candidato vacinal para a sífilis, mas deve primeiro ser testada in vitro e in vivo para validar essas conclusões.
Subject: Bioinformática
Doenças sexualmente transmissíveis
Treponema pallidum
Epitopos
Vacinas
language: eng
metadata.dc.publisher.country: Brasil
Publisher: Universidade Federal de Minas Gerais
Publisher Initials: UFMG
metadata.dc.publisher.department: ICB - DEPARTAMENTO DE BIOLOGIA GERAL
metadata.dc.publisher.program: Programa de Pós-Graduação em Bioinformatica
Rights: Acesso Restrito
URI: http://hdl.handle.net/1843/53745
Issue Date: 13-Dec-2022
metadata.dc.description.embargo: 13-Dec-2024
Appears in Collections:Dissertações de Mestrado

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