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http://hdl.handle.net/1843/30926| Type: | Tese |
| Title: | Desenvolvimento de estratégias de análise de interações antígeno-anticorpo e visualização de anticorpos em larga escala |
| Authors: | Milene Barbosa Carvalho |
| First Advisor: | Liza Figueiredo Felicori Vilela |
| First Co-advisor: | Franck Molina |
| Abstract: | Devido à capacidade dos anticorpos de se ligaram de maneira específica e com alta afinidade a substâncias estranhas ao organismo, eles são utilizados em terapias de doenças, diagnósticos e como ferramentas para pesquisas. Com o crescente interesse na utilização dessas proteínas, diversas estruturas de anticorpos vêm sendo resolvidas e um grande número de sequências é descoberto a cada experimento de sequenciamento de repertório de anticorpos. Apesar do sucesso da utilização de anticorpos e dos diversos estudos já realizados para se tentar identificar as propriedades que determinam a interação com o antígeno, ainda não são claras as regras que governam o reconhecimento entre anticorpo e antígeno e sua especificidade. Portanto, neste trabalho, foram desenvolvidas estratégias de análise e visualização em larga escala das cadeias dos anticorpos e suas interações com o antígeno. Nesse contexto, foi desenvolvida a plataforma Yvis, que permite a visualização de um alinhamento de milhares de sequências de anticorpos em uma única representação (Collier de Diamants). Para explorar as propriedades de antígeno e anticorpo e suas interações, foi implementado o banco de dados Ydb, que armazena dados da composição e das propriedades físico-químicas das cadeias de complexos antígeno-anticorpo, além da caracterização de suas interações e da interface desses complexos utilizando diferentes critérios de definição. Essas características diferenciam o Ydb dos demais bancos de dados que contêm informações de estruturas de anticorpos. Análises de parte desses dados destacaram as diferenças entre as definições de interface, além das posições mais conservadas ou divergentes nas sequências de anticorpos. Além disso, foi possível visualizar as posições que geralmente realizam interações com o antígeno e os tipos de interação presentes em cada posição. Em conjunto, a plataforma Yvis, o Ydb e a representação Collier de Diamants oferecem um ambiente para a análise de anticorpos que auxilia na formulação de hipóteses sobre os principais resíduos e interações presentes nos complexos e ajuda no entendimento das propriedades dos anticorpos. |
| Subject: | Bioinformática Anticorpos Alinhamento de Sequência |
| language: | por |
| metadata.dc.publisher.country: | Brasil |
| Publisher: | Universidade Federal de Minas Gerais |
| Publisher Initials: | UFMG |
| metadata.dc.publisher.department: | ICB - INSTITUTO DE CIÊNCIAS BIOLOGICAS |
| metadata.dc.publisher.program: | Programa de Pós-Graduação em Bioinformatica |
| Rights: | Acesso Aberto |
| URI: | http://hdl.handle.net/1843/30926 |
| Issue Date: | 22-Jul-2019 |
| Appears in Collections: | Teses de Doutorado |
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