Tracking the thiobases photophysics: time-resolved spectroscopy studies of the relaxation pathways
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Editor
Universidade Federal de Minas Gerais
Descrição
Tipo
Tese de doutorado
Título alternativo
Rastreando a fotofísica das tiobases: estudos espectroscópicos resolvidos no tempo das vias de relaxamento
Primeiro orientador
Membros da banca
Leandro Malard Moreira
Sebastião José Nascimento de Pádua
Mauricio da Silva Baptista
Cleber Renato Mendonça
Sebastião José Nascimento de Pádua
Mauricio da Silva Baptista
Cleber Renato Mendonça
Resumo
Nucleobases with sulfur oxygen substitution, named thiobases, are important for a range
of biotechnological applications. They show distinguished properties as compared to the
canonical nucleobases as fast intersystem crossing, redshift absorbance and the high
triplet quantum yield rate enabled by the thio-substitution. These properties facilitates
their applications in photodynamic therapy, chemotherapy for the treatment of skin
cancers and superficial tumors, photosensitive prototypes for pharmacology application,
as well as giving the thiopyrimidines great utility as photolabels. Recent experimental and
theoretical studies have shown that the degree and position of the sulfur atom substitution,
the environment and the sugar presence have important effects on the magnitude of the
intersystem crossing timescale. Here, we use sub-20 fs broadband transient transmission
spectroscopy, supported by Raman and photoluminescence experiments, combined with
Quantum Mechanics/Molecular Mechanics calculations that enabled to rationalize the
thiobases deactivation decay pathway. A common behavior about the relaxation decay path
was observed for all the studied thiobases: the triplet manifold population happens either
directly through an intersystem crossing process between the bright and the triplet states,
or through an intermediate dark state. A global analysis of the transient transmission
data confirms this scenario and reveals the time constants involved in these processes. In
particular, concerning the thiouracils, we observed that the 2,4-dithiouracil decay processes
are qualitatively reproduced by the 2-thiouracil and 4-thiouracil processes depending
only on the excitation wavelength. In addiction, for the thiothymidines, the intersystem
crossing time constants presented in the literature, obtained from experiments with more
than 200 fs time resolution, are reproduced very well by our data. Also, we found for all
thiobases a fast time constant, not yet observed, related to the excited bright singlet state
lifetime. Furthermore, in the 4-thiouracil and 4-thiothymidine 2D transient transmission
map we can also clearly observe coherent oscillations impulsively excited by the short
pulses that have not yet been seen in ultrafast transient spectroscopy experiments for
these molecules. Therefore, this work represents great advances in the understanding of
the thiobases photophysics.
Abstract
A substituição de oxigênio por enxofre em nucleobases leva às chamadas tiobases, que
são importantes para várias aplicações em biotecnologia. As tiobases se distinguem das
bases canônicas pelo cruzamento intersistemas rápido, o deslocamento para o vermelho
dos picos no espectro de absorção e a alta taxa de população do estado tripleto. Tais
características facilitam suas aplicações em terapia fotodinâmica, quimioterapia para o
tratamento de câncer de pele e tumores superficiais, protótipos fotossensíveis para aplicação
farmacológica, bem como viabiliza a aplicação das tiopirimidinas como fotomarcadores.
Estudos experimentais e teóricos recentes mostraram que o grau e a posição da substituição
do átomo de oxigênio pelo átomo de enxofre, o ambiente e a presença do grupo funcional
de açúcar têm efeitos importantes na ordem de grandeza da escala de tempo da transição
intersistemas. Neste trabalho, utilizamos espectroscopia de transmissão transiente com
pulsos de banda larga e duração inferior a 20 fs, suportada por experimentos de Raman
e fotoluminescência, e ainda combinada com cálculos de mecânica quântica e mecânica
molecular, que permitiram racionalizar o caminho de decaimento da desativação das
tiobases. Um comportamento comum sobre o caminho de decaimento foi observado em
todas as tiobases estudadas: os estados tripletos são populados ou diretamente através
de um processo de cruzamento intersistemas proveniente do estado oticamente excitado,
ou através de um estado escuro intermediário. Uma análise global dos dados de dinâmica
espectral confirma esse cenário e revela as constantes de tempo envolvidas nesses processos.
Em particular, para as tiouracilas, observamos que os processos de decaimento da 2,4-
ditiouracil são reproduzidos qualitativamente pelos processos de decaimento da 2-tiouracil
e da 4-tiouracil, dependendo apenas do comprimento de onda da excitação. Além disso,
para as tiotimidinas, as constantes de tempo de cruzamento entre sistemas observadas
nos trabalhos da literatura com resolução temporal superior a 200 fs são reproduzidas
muito bem por nossos resultados. E ainda, para todas tiobases obtemos os tempos de
vida relacionados ao estado de singleto excitado. Além disso, no mapa 2D da transmissão
transiente para a 4-tiouracil e a 4-tiotimidina podemos observar claramente a excitação
coerente de modos vibracionais ultrarrápidos, impulsivamente excitados pelos pulsos
curtos, até agora ainda não observados em experimentos de espectroscopia transiente
ultrarrápida para essas moléculas. Portanto, este trabalho representa avanços importantes
na compreensão da fotofísica das tiobases.
Assunto
Espectroscopia, Óptica, Dinâmica molecular
Palavras-chave
Thiobases, Intersystem Crossing, Short Pulses, Transient Transmission Spectroscopy, Photoluminescence, Raman, Relaxation Pathwasy