Please use this identifier to cite or link to this item: http://hdl.handle.net/1843/33748
Type: Tese
Title: Tracking the thiobases photophysics: time-resolved spectroscopy studies of the relaxation pathways
Other Titles: Rastreando a fotofísica das tiobases: estudos espectroscópicos resolvidos no tempo das vias de relaxamento
Authors: Danielle Cristina Teles Ferreira
First Advisor: Ana Maria de Paula
First Referee: Leandro Malard Moreira
Second Referee: Sebastião José Nascimento de Pádua
Third Referee: Mauricio da Silva Baptista
metadata.dc.contributor.referee4: Cleber Renato Mendonça
Abstract: Nucleobases with sulfur oxygen substitution, named thiobases, are important for a range of biotechnological applications. They show distinguished properties as compared to the canonical nucleobases as fast intersystem crossing, redshift absorbance and the high triplet quantum yield rate enabled by the thio-substitution. These properties facilitates their applications in photodynamic therapy, chemotherapy for the treatment of skin cancers and superficial tumors, photosensitive prototypes for pharmacology application, as well as giving the thiopyrimidines great utility as photolabels. Recent experimental and theoretical studies have shown that the degree and position of the sulfur atom substitution, the environment and the sugar presence have important effects on the magnitude of the intersystem crossing timescale. Here, we use sub-20 fs broadband transient transmission spectroscopy, supported by Raman and photoluminescence experiments, combined with Quantum Mechanics/Molecular Mechanics calculations that enabled to rationalize the thiobases deactivation decay pathway. A common behavior about the relaxation decay path was observed for all the studied thiobases: the triplet manifold population happens either directly through an intersystem crossing process between the bright and the triplet states, or through an intermediate dark state. A global analysis of the transient transmission data confirms this scenario and reveals the time constants involved in these processes. In particular, concerning the thiouracils, we observed that the 2,4-dithiouracil decay processes are qualitatively reproduced by the 2-thiouracil and 4-thiouracil processes depending only on the excitation wavelength. In addiction, for the thiothymidines, the intersystem crossing time constants presented in the literature, obtained from experiments with more than 200 fs time resolution, are reproduced very well by our data. Also, we found for all thiobases a fast time constant, not yet observed, related to the excited bright singlet state lifetime. Furthermore, in the 4-thiouracil and 4-thiothymidine 2D transient transmission map we can also clearly observe coherent oscillations impulsively excited by the short pulses that have not yet been seen in ultrafast transient spectroscopy experiments for these molecules. Therefore, this work represents great advances in the understanding of the thiobases photophysics.
Abstract: A substituição de oxigênio por enxofre em nucleobases leva às chamadas tiobases, que são importantes para várias aplicações em biotecnologia. As tiobases se distinguem das bases canônicas pelo cruzamento intersistemas rápido, o deslocamento para o vermelho dos picos no espectro de absorção e a alta taxa de população do estado tripleto. Tais características facilitam suas aplicações em terapia fotodinâmica, quimioterapia para o tratamento de câncer de pele e tumores superficiais, protótipos fotossensíveis para aplicação farmacológica, bem como viabiliza a aplicação das tiopirimidinas como fotomarcadores. Estudos experimentais e teóricos recentes mostraram que o grau e a posição da substituição do átomo de oxigênio pelo átomo de enxofre, o ambiente e a presença do grupo funcional de açúcar têm efeitos importantes na ordem de grandeza da escala de tempo da transição intersistemas. Neste trabalho, utilizamos espectroscopia de transmissão transiente com pulsos de banda larga e duração inferior a 20 fs, suportada por experimentos de Raman e fotoluminescência, e ainda combinada com cálculos de mecânica quântica e mecânica molecular, que permitiram racionalizar o caminho de decaimento da desativação das tiobases. Um comportamento comum sobre o caminho de decaimento foi observado em todas as tiobases estudadas: os estados tripletos são populados ou diretamente através de um processo de cruzamento intersistemas proveniente do estado oticamente excitado, ou através de um estado escuro intermediário. Uma análise global dos dados de dinâmica espectral confirma esse cenário e revela as constantes de tempo envolvidas nesses processos. Em particular, para as tiouracilas, observamos que os processos de decaimento da 2,4- ditiouracil são reproduzidos qualitativamente pelos processos de decaimento da 2-tiouracil e da 4-tiouracil, dependendo apenas do comprimento de onda da excitação. Além disso, para as tiotimidinas, as constantes de tempo de cruzamento entre sistemas observadas nos trabalhos da literatura com resolução temporal superior a 200 fs são reproduzidas muito bem por nossos resultados. E ainda, para todas tiobases obtemos os tempos de vida relacionados ao estado de singleto excitado. Além disso, no mapa 2D da transmissão transiente para a 4-tiouracil e a 4-tiotimidina podemos observar claramente a excitação coerente de modos vibracionais ultrarrápidos, impulsivamente excitados pelos pulsos curtos, até agora ainda não observados em experimentos de espectroscopia transiente ultrarrápida para essas moléculas. Portanto, este trabalho representa avanços importantes na compreensão da fotofísica das tiobases.
Subject: Espectroscopia
Óptica
Dinâmica molecular
language: eng
metadata.dc.publisher.country: Brasil
Publisher: Universidade Federal de Minas Gerais
Publisher Initials: UFMG
metadata.dc.publisher.department: ICX - DEPARTAMENTO DE FÍSICA
metadata.dc.publisher.program: Programa de Pós-Graduação em Física
Rights: Acesso Aberto
URI: http://hdl.handle.net/1843/33748
Issue Date: 17-Apr-2020
Appears in Collections:Teses de Doutorado

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