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http://hdl.handle.net/1843/34452
Tipo: | Tese |
Título: | Diversidade genômica de Leishmania infantum isolados de cães naturalmente infectados no município de Januária, Minas Gerais, Brasil |
Autor(es): | Ramon Vieira Nunes |
Primeiro Orientador: | Hélida Monteiro de Andrade |
Primeiro Coorientador: | Daniella Castanheira Bartholomeu |
Primeiro membro da banca : | Alexandre Barbosa Reis |
Segundo membro da banca: | Patrícia Flávia Quaresma |
Terceiro membro da banca: | João Luis Reis Cunha |
Quarto membro da banca: | Maurício Roberto Viana Santana |
Resumo: | A leishmaniose visceral canina (LVC) é uma zoonose causada comumente por Leishmania (Leishmania) infatum, afetando no contexto urbano principalmente cães domésticos. Esses reservatórios apresentam intenso parasitismo visceral e cutâneo, o que favoreceria a infecção dos vetores. A enzootia canina, regularmente, precede a ocorrência da LV em humanos. A presente pesquisa tem os objetivos de caracterizar clinicamente os animais; diagnosticar a LVC; identificar as espécies de protozoários do gênero Leishmania causando LVC e caracterizar molecularmente isolados obtidos a partir de aspirados de medula óssea. O estudo foi realizado na cidade de Januária, localizada na região norte do Estado de Minas Gerais, Brasil. Foram coletadas amostras de soro, fragmentos de baço, pele de orelha e aspirados de medula óssea de 100 animais infectados em dois momentos e áreas: 2017, zona urbana e 2019 zona rural. O diagnóstico foi confirmado por meio de sorologia (DPP, RIFI e ELISA) e também por PCR-ITS1 em amostras de pele, baço e medula óssea. Para identificação da espécie foi realizada a RFLP nas amostras PCR positivas. Amostras de aspirados de medula óssea foram colocados em meio de cultura NNN/LIT para obtenção de isolados. DNA dos isolados (n=27) foi extraído, purificado, amplificado e sequenciado. Todos os animais desse estudo apresentaram sinais clínicos sugestivos de LVC, cuja pontuação observada através de confecção de escore foi de 2-17 pontos (0-19), caracterizando a população amostral como clinicamente sintomática e permitindo inferências de presença de correlação com a titulação de anticorpos (RIFI). A confirmação diagnóstica de LVC foi evidenciada em 100% dos cães, em pelo menos uma das técnicas citadas. Por PCR-RFLP foi feita a identificação de L. (L.) infantum em 72% dos animais, não tendo sido identificada outra espécie. Foram isoladas 27 cepas, das quais 20 tiveram os genomas completos sequenciados (SGC) que foram analisados juntamente com o genoma de referência de L. infantum (JPCM5). Alterações de ploidia foram detectadas independente de localização (urbana ou rural) e/ou temporalidade (2017 ou 2019). Todos os genomas sequenciados exibiram polissomia do cromossomo 31, bem como, os isolados urbanos/2017 poliploida do cromossomo 23. As análises de enriquecimento funcional por GO no cromossomo 23 revelaram enriquecimentos gênicos envolvidos em processos enzimáticos de conversão de acetato em acetil-Coa mediado por AceCS para síntese de lipídeos e em degradação de Heme, importante para limitar a produção de radicais livre em macrófagos parasitados. Tanto as análises de ploidia, como de SNVs (PCA) revelaram a existência de 2 clusters principais: 1º) Cluster urbano- constituído de todas os genomas urbanos isolados em 2017; 2°) Cluster rural: formado por todas as cepas rurais isoladas em 2019. Análises de SNVs evidenciaram entre 814 e 987 variantes em cada genoma e 99,99% de identidade entre os 20 genomas. Em suma, os 2 clusters principais formados foram caracterizados por temporalidade ou ano de coleta das espécimes clínicas (2017 e 2019) e/ou localização geográfica (urbana e rural), sendo o primeiro cluster, urbano/2017 e o segundo rural/2019, sugerindo interferências espaciais e/ou temporais nos processos evolutivos genômicos desse organismo. |
Abstract: | Canine visceral leishmaniasis (CVL) is a zoonosis commonly caused by Leishmania (Leishmania) infatum, affecting mainly domestic dogs in the urban context. These hosts have intense visceral and cutaneous parasitism, which would facilitate infection of the vectors. Canine enzooty regularly precedes the occurrence of VL in humans. The present research aims to clinically characterize the animals; diagnose CVL; to identify the protozoan species of the genus Leishmania causing CVL and to characterize molecularly isolates obtained from bone marrow aspirates. The study was carried out in the city of Januária, located in the northern region of the State of Minas Gerais, Brazil. Serum samples, spleen fragments, ear skin and bone marrow aspirates were collected from 100 infected animals in two moments and areas: 2017 urban area and 2019 rural area. The diagnosis was confirmed by serology (DPP, RIFI and ELISA) and also by PCR-ITS1 in samples of skin, spleen and bone marrow. For species identification, RFLP was performed on PCR positive samples. Samples of bone marrow aspirates were placed in NNN / LIT culture medium to obtain isolates. DNA from the isolates (n = 27) was extracted, purified, amplified and sequenced. All animals in this study showed clinical signs suggestive of CVL, that the score observed was 2-17 points (0-19), characterizing the sample population as clinically symptomatic and allowing inferences of correlation with antibody titers (RIFI). The diagnostic confirmation of CVL was evidenced in 100% of the dogs, in at least one of the techniques mentioned. By PCR-RFLP, L. (L.) infantum was identified in 72% of the animals, with no other species identified. 27 strains were isolated, of which 20 had the sequenced genomes that were analyzed together with the reference genome of L. infantum (JPCM5). Ploidy alteration were detected regardless of location (urban or rural) and / or temporality (2017 or 2019). All sequenced genomes exhibited polysomy of chromosome 31, as well as urban isolates / 2017 polyploid of chromosome 23. Analyzes of functional enrichment by GO revealed gene enrichments involved in enzymatic processes of conversion of acetate to acetyl-Coa mediated by AceCS for lipid synthesis (Figure 13) and Heme degradation, to limit the production of free radicals in macrophages parasitized. Both ploidy and SNVs (PCA) analyzes revealed the existence of 2 main clusters: 1st) Urban cluster - consisting of all urban genomes isolated in 2017; 2 °) Rural cluster: formed by all isolated rural strains in 2019. Analysis of SNVs showed between 814 and 987 variants in each genome and 99.99% identity among the 20 genomes. In short, the 2 main clusters formed were characterized by temporality or year of collection of clinical specimens (2017 and 2019) and / or geographic location (urban and rural), with the first cluster, urbano / 2017 and the second rural / 2019, suggesting spatial and / or temporal interferences in the genomic evolutionary processes of this organism. |
Assunto: | Leishmania infantum Leishmaniose visceral Cães Sequenciamento completo do genoma Variação genética |
Idioma: | por |
País: | Brasil |
Editor: | Universidade Federal de Minas Gerais |
Sigla da Instituição: | UFMG |
Departamento: | ICB - DEPARTAMENTO DE PARASITOLOGIA |
Curso: | Programa de Pós-Graduação em Parasitologia |
Tipo de Acesso: | Acesso Aberto |
URI: | http://hdl.handle.net/1843/34452 |
Data do documento: | 29-Set-2020 |
Aparece nas coleções: | Teses de Doutorado |
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