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http://hdl.handle.net/1843/35516| Type: | Tese |
| Title: | Caracterização molecular dos Orthobunyavirus do grupo C |
| Authors: | Carla do Amaral Pinto |
| First Advisor: | Paulo César Peregrino Ferreira |
| Abstract: | Os vírus Caraparu (CARV), Apeu (APEUV) e Itaqui (ITQV) são arbovírus do sorogrupo C pertencentes ao gênero Orthobunyavirus da família Bunyaviridae. Estes vírus foram isolados pela primeira vez na Amazônia brasileira na década de 50 e a sua infecção em seres humanos é caracterizada por febre alta, mialgia e fotofobia, com 4-5 dias de duração. O genoma dos membros do sorogrupo C é constituídos por três segmentos de RNA de fita simples de polaridade negativa denominados S (~1000 pb), M (~4500 pb) e L (~7000 b). Estes vírus apresentam potencial de emergência como patógenos humanos. Contudo, estudos envolvendo os Orthobunyavirus do grupo C são escassos e suas características moleculares são pouco conhecidas, o que dificulta sua identificação e correta classificação. Até o momento, apenas sequências genômicas parciais para APEUV e ITQV foram caracterizadas e as relações genéticas entre estes vírus são ainda muito pouco conhecidas. O objetivo deste trabalho é realizar a caracterização molecular dos vírus do grupo C CARV, APEUV e ITQV através do sequenciamento dos seus segmentos genômicos e utilizar os dados obtidos para desenvolver um ensaio de PCR que permita identificar e diferenciar estas três amostras virais. Foi possível concluir o hequenciamento do segmento L de CARV e APEUV e obter sequências parciais para os segmentos M e L do ITQV e segmento M de CARV e APEUV. A caracterização do segmento L do APEUV revelou que a RdRp deste membro do sorogrupo C possui todas as regiões conservadas anteriormente descritas para os Orthobunyavirus, como as regiões 3 e 4, além do domínio “cap-snatching” originalmente descrito para o vírus Influenza. As análises revelararam que as relações genéticas existentes entre as três amostras do sorogrupo C (CARV, APEUV e ÌTQV) são diferentes quando os segmentos L e M são analisados. Os dados obtidos para a 26 RdRp das três amostras analisadas sugerem que o segmento L de CARV e ITQV possuem uma origem em comum, a qual não é compartilhada pelo segmento L do APEUV. Por outro lado, os dados obtidos para a poliproteína sugerem uma origem em comum para o segmento M de CARV e APEUV, a qual não seria compartilhada pelo segmento M do ITQV. Visto que o ICTV utiliza como critério de especição as reações cruzadas nas provas sorológicas que reconhecem as glicoproteínas de superfície, uma classificação baseada na sequência da RdRp, sendo esta a proteína mais conservada e melhor caracterizada dentro do gênero Orthobunyavirus, seria mais adequada. |
| Abstract: | Caraparu (CARV), Apeu (APEUV) and Itaqui (ITQV) are group C arboviruses, member of Bunyaviridae family and Orthobunyavirus genus. These viruses were first isolated in the Brazilian Amazon in the 50s and their human disease is characterized by high fever, muscular pain and photophobia, during 4-5 days. The orthobunyaviruses’ genome is composed of three segments of single-stranded negative-sense RNA named S (~1000 bp), M (~4500 bp) and L (~7000 bp). Group C viruses are potential emergent human pathogens. However, studies involving these viruses are rare and their molecular characteristics are poorly known, which complicates their correct identification and classification. To date, only partial genomic sequences for APEUV and ITQV were characterized and the genetic relationships between them are still poorly known. The aim of this work is to perform the molecular characterization of the group C arboviruses CARV, APEUV and ITQV sequencing their genome segments and use the data to develop a PCR assay to identify and differentiate these three viral strains. It was possible to complete the L segment sequencing for CARV and APEUV and obtain partial sequences for ITQV M and L segments and CARV and APEUV M segment. The characterization of APEUV L segment revealed that the RdRp of this serogroup C member has all conserved regions described for Orthobunyavirus like regions 3 and 4, besides the "cap-snatching" domain originally described for influenza virus. The data show that genetic relationships among the three serogroup C strains (CARV, APEUV and ITQV) are different when the L and M segments are analyzed. The RdRp analysis suggests that CARV and ITQV L segment have a common origin, which is not shared by APEUV L segment. Moreover, polyprotein analysis suggests a common origin for CARV and APEUV M segment, which would not be shared by ITQV M segment. Since the ICTV uses the cross-reactivity in serological tests which recognize the surface glycoproteins as criterion to difining species, a classification based on RdRp sequence, which is the most conserved and best characterized protein within the Orthobunyavirus genus, would be more appropriate. |
| Subject: | Microbiologia Virologia Orthobunyavirus Bunyaviridae |
| language: | por |
| metadata.dc.publisher.country: | Brasil |
| Publisher: | Universidade Federal de Minas Gerais |
| Publisher Initials: | UFMG |
| metadata.dc.publisher.department: | ICB - DEPARTAMENTO DE MICROBIOLOGIA |
| metadata.dc.publisher.program: | Programa de Pós-Graduação em Microbiologia |
| Rights: | Acesso Aberto |
| metadata.dc.rights.uri: | http://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/3.0/pt/ |
| URI: | http://hdl.handle.net/1843/35516 |
| Issue Date: | 28-Aug-2015 |
| Appears in Collections: | Teses de Doutorado |
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