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http://hdl.handle.net/1843/39073| Type: | Tese |
| Title: | Caracterização molecular e análise filogenética de regiões parciais do genoma do Equine infectious anemia virus circulante em equídeos brasileiros |
| Authors: | Andreia Elisa Cursino |
| First Advisor: | Erna Geessien Kroon |
| First Referee: | Paulo César Peregrino Ferreira |
| Second Referee: | Maria Isabel Maldonado Coelho Guedes |
| Third Referee: | Pedro Augusto Alves |
| metadata.dc.contributor.referee4: | Daniel Moura de Aguiar |
| Abstract: | A Anemia infecciosa equina (AIE) é uma doença que acomete todos os membros da família Equidea, causada pelo retrovírus Equine infectious anemia virus (EIAV). A AIE é uma doença de ocorrência mundial, sendo uma das 11 doenças de equídeos de notificação obrigatória pela Organização Mundial de Saúde Animal (OIE). A AIE encontra-se amplamente disseminada no território brasileiro, apresentando uma elevada soroprevalência no Pantanal. O diagnóstico da AIE é feito principalmente empregando o teste de imunodifusão em gel de agar (IDGA). Embora a AIE tenha sido descrita há mais de 150 anos, existem poucas sequências de genoma completo do EIAV disponíveis no GenBank, o que tem impacto nos estudos de detecção e caracterização molecular do vírus. Assim, o objetivo deste estudo foi detectar, caracterizar molecularmente e analisar filogeneticamente o EIAV circulante em amostras de campo de equídeos brasileiros. Para isso foram desenhados iniciadores e desenvolvidas Reações em Cadeia da Polimerase (PCRs) para a amplificação de diferentes regiões do genoma proviral do EIAV em amostras clínicas de equídeos do Pantanal brasileiro, e do estado do Ceará. O DNA amplificado nestas reações foi sequenciado e as sequências nucleotídicas foram empregadas para estudos de alinhamento do genoma e análise filogenética. Foram obtidas sequências nucleotídicas para duas regiões parciais do genoma do EIAV, sendo 23 para a região 5’ LTR ao exon 1 do gene tat, e 61 para o exon 1 do gene tat ao gene gag. Também foi feita a caracterização molecular de regiões parciais do genoma de uma amostra do Pantanal, sendo uma sequência nucleotídica completa da ORF tat, e sequências parciais da região 5’ LTR, dos gene gag, pol, e env, e da ORF S2. A análise filogenética das sequências nucleotídicas para as diferentes regiões do genoma analisadas apresentou diferentes resultados. Na maioria das análises das sequencias parciais as amostras de equídeos brasileiros sempre agrupam separadamente das demais sequências mundiais de EIAV. Na análise das sequências das amostras brasileiras e mundiais foram observadas várias substituições nucleotídicas e mutações de aminoácidos. Para avaliar o status sorológico dos equídeos foram empregados os testes IDGA, ELISA gp90 e ELISA p26. Portanto, os dados obtidos neste trabalho contribuem com novas informações sobre a diversidade genética do genoma do EIAV, e destaca a importância da caracterização do EIAV para o desenvolvimento de métodos moleculares para o diagnóstico da AIE em complementação aos testes sorológicos atualmente utilizados. Além disso, os resultados sorológicos demonstram a maior sensibilidade dos testes ELISAs empregados neste estudo em comparação ao IDGA utilizado para o diagnóstico da AIE. |
| Abstract: | The Equine infectious anemia (EIA) is a disease that affects all members of the Equidea family, caused by the retrovirus Equine infectious anemia virus (EIAV). EIA presents a worldwide distribution, being one of the eleven diseases of compulsory notification by the World Organisation for Animal Health (OIE). The EIA is widely disseminated in the Brazilian territory, presenting a high seroprevalence in the Pantanal. The diagnosis of EIA is mainly made using agar gel immunodiffusion (AGID). Although the EIA has been described for more than 150 years, there are few complete EIAV genome sequences available in GenBank which has an impact on the molecular characterization and detection studies of the virus. Considering the shortage of EIAV sequences, the studies of detection and molecular characterization of EIAV are important. Therefore, the objective of this study is to detect, molecularly characterize and analyze phylogenetically the circulating EIAV in equidae from Brazil. For this, primers were designed and Polymerase Chain Reactions (PCRs) were developed for the amplification of different regions of the EIAV proviral genome in clinical samples of equidae from the Brazilian Pantanal of the states of Mato Grosso and Mato Grosso do Sul, and equidae from the state of Ceará. The amplified DNA in these reactions was sequenced and the nucleotide sequences were employed for genome alignment studies and phylogenetic analysis. We obtained nucleotide sequences for two partial regions of the EIAV genome, being 23 for the 5'LTR region to the exon 1 of tat, and 61 for the exon 1 of the tat to the gag gene. Also, the molecular characterization of partial regions of the genome from a Pantanal sample, which were a complete nucleotide sequence of ORF tat, and partial sequences of gag, pol and env genes, and of ORF S2. The phylogenetic analysis of nucleotide sequences for different regions of the genome analyzed shows that different results. In most partial sequence analyzes of the Brazilian equines samples always group separately from the other EIAV world sequences. In the analysis of the sequences of the Brazilian and world samples several nucleotide substitutions and mutations of amino acids were observed. To evaluate the serological status of the equine samples were employed the tests IDGA, ELISA gp90 and ELISA p26. Therefore, the data obtained in this work contribute with new information on the genetic diversity of the EIAV genome, and highlights the importance of characterizing the EIAV for the development of molecular methods for the diagnosis of EIA in addition to the serological tests currently used. In addition, the serological results demonstrate the greater sensitivity of the ELISAs used in this study compared to the IDGA utilized for the diagnosis of EIA |
| Subject: | Microbiologia Anemia infecciosa equina Reação em cadeia da polimerase Filogenia |
| language: | por |
| metadata.dc.publisher.country: | Brasil |
| Publisher: | Universidade Federal de Minas Gerais |
| Publisher Initials: | UFMG |
| metadata.dc.publisher.department: | ICB - DEPARTAMENTO DE MICROBIOLOGIA |
| metadata.dc.publisher.program: | Programa de Pós-Graduação em Microbiologia |
| Rights: | Acesso Restrito |
| URI: | http://hdl.handle.net/1843/39073 |
| Issue Date: | 8-Mar-2019 |
| metadata.dc.description.embargo: | 8-Mar-2020 |
| Appears in Collections: | Teses de Doutorado |
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