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http://hdl.handle.net/1843/43301| Type: | Dissertação |
| Title: | Estudo da interação de peptídeos do citomegalovírus humano a diferentes especificidades HLA de classe I: Uma abordagem in silico |
| Other Titles: | Study of the interaction of human cytomegalovirus peptides to different HLA class I specificities: An in silico approach |
| Authors: | Stephanie Santos de Almeida |
| First Advisor: | Cristiano Xavier Lima |
| Abstract: | O Citomegalovírus (HCMV) é o maior vírus pertencente à classe dos herpesvírus humanos, da família Herpesviridae. Em pacientes imunocompetentes, a infecção primária por HCMV é geralmente oligoassintomática e sua reativação muito infrequente. Entretanto, em pacientes imunussuprimidos, a doença primária é acompanhada de alta morbimortalidade e os episódios de reativação muito recorrentes e sintomáticos. Em pacientes transplantados de órgãos ou tecidos trata-se de um problema praticamente universal. O HLA é um importante sistema que participa da resposta imune adaptativa a agentes infecciosos, sendo o principal responsável pela apresentação de antígenos derivados de patógenos a linfócitos T. O HLA é uma molécula extremamente polimórfica e cada tipo específico apresenta maior ou menor afinidade com os antígenos apresentados. O objetivo deste estudo foi determinar o grau de interação do HLA com os peptídeos das 10 principais proteínas antigênicas do HCMV e sua relação com o polimorfismo HLA. A sequência peptídica das proteínas foi obtida da base de dados UniProt e os peptídeos imunogênicos foram testados in silico através da predição de ligação de epítopos às moléculas do MHC. Redes neurais artificiais foram exploradas na ferramenta do website Immune Epitope Database para o cálculo do grau de afinidade (Ic50) dos 27 tipos de HLAs do tipo I quando testados com as 10 proteínas. As afinidades dos peptídeos foram classificadas por Ic50 em alta (<50 nM), média (50-500 nM) e baixa (> 500 nM). A maioria dos peptídeos previstos (98,30%, variando de 82,3% a 99,7% para as 10 proteínas) foram de baixa afinidade, com pouca chance de interagir com os HLAs. Em média, 0,41 peptídeos mostram alta afinidade de Ic50 com alguns HLAs. Quando classificado pelo número de peptídeos imunogênicos (Ic50 abaixo de 500 nM), a UL48 (maior) foi a mais imunogênica seguido por UL55, UL29, UL32, UL28, Pp65 (mais estudada), UL122, UL123, US3, US32. Essas análises revelaram que alguns HLA são ótimos para apresentar epítopos de HCMV, como A*02:03, A*02:06, A*31:01, A*68:01; enquanto outros são maus apresentadores como A*01:01, A*26:01, B*51:01, B*44:02. O HLA A *02:03 foi o melhor HLA para responder contra os peptídeos do HCMV que exibem níveis elevados de interação com todos os peptídeos da proteína, exceto o US32. Em contraste, os HLAs A*26:01, A*01:01, B*51:01 foram os piores HLAs a apresentar peptídeos de HCMV, exibindo nenhuma ou pouca interação com peptídeos previstos de todas as proteínas. No contexto clínico, conhecer a interação entre os HLAs e as proteínas do HCMV, pode ajudar a inferir o risco de infecção viral no pós-transplante. |
| Abstract: | Cytomegalovirus (HCMV) is a common human herpesvirus mostly asymptomatic in immunocompetent population. In immunosuppression, as transplantation, HCMV can reactive and affect transplant outcome, causing changes in clinical status. HLA is an important system that participates in antigen presentation and T cell activation, which imposes important barrier to transplantation. Matches between HLA guides donor-receptor compatibility. We asked if different HLA would be associated with resistance to HCMV. We chose 10 most immunogenic HCMV proteins related to CD8+ response. The proteins sequence was taken from UniProt Database and immunogenic peptides for MHC-I were predicted by T Cell Epitopes MHC binding Prediction using Artificial Neural Networks to calculate predicted Ic50 at Immune Epitope Database website against 27 types of I HLAs. The peptides affinities were classified by Ic50 into high (<50 nM), medium (50-500 nM) and low (>500 nM). The majority of predicted peptides (98.30%, varying 82.3% to 99.7% for the 10 proteins) were low affinity with little chance to interact with HLAs. On average, 0.41 peptides show high affinity Ic50 in the HLA. When classified by the number of immunogenic peptides (Ic50 below 500 nM), UL48 (biggest) were found to be the most immunogenic followed by UL55, UL29, UL32, UL28, Pp65 (most studied), UL122, UL123, US3, US32. These analyses revealed that some HLA are optimal to present HCMV epitopes, as A*02:03, A*02:06, A*31:01, A*68:01; while others are poor presenters as A*01:01, A*26:01, B*51:01, B*44:02. HLA A*02:03 was the best HLA to respond against HCMV peptides displaying high levels of interaction with all protein peptides but US32. In contrast HLA A*26:01, A*01:01, B*51:01 were the worst HLAs to presents HCMV peptides displaying none or just few interactions with predicted peptides from all proteins. Clinical context, knowing the interaction between the HLAs and HCMV proteins might help infer the risk of virus infection on post transplantation. |
| Subject: | Citomegalovirus Proteínas Virais Antígenos HLA Herpesviridae Linfócitos T Transplante |
| language: | por |
| metadata.dc.publisher.country: | Brasil |
| Publisher: | Universidade Federal de Minas Gerais |
| Publisher Initials: | UFMG |
| metadata.dc.publisher.department: | MEDICINA - FACULDADE DE MEDICINA |
| metadata.dc.publisher.program: | Programa de Pós-Graduação em Ciências Aplicadas à Cirurgia e à Oftalmologia |
| Rights: | Acesso Aberto |
| URI: | http://hdl.handle.net/1843/43301 |
| Issue Date: | 13-Nov-2018 |
| Appears in Collections: | Dissertações de Mestrado |
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