Please use this identifier to cite or link to this item:
http://hdl.handle.net/1843/45880| Type: | Tese |
| Title: | Composição do veneno de Loxosceles laeta peruana revelada por análise transcriptômica NGS e desenvolvimento da ferramenta computacional PepLess |
| Authors: | Raissa Medina Santos |
| First Advisor: | Carlos Delfin Chavez Olortegui |
| First Co-advisor: | Frank Molina |
| Abstract: | Acidentes envolvendo aranhas do gênero Loxosceles são responsáveis por emergências médicas em vários países da América do Sul. A espécie Loxosceles laeta está presente principalmente no Brasil e Peru, e é responsável por um número expressivo de acidentes nestes países. Para otimizar a caracterização dos componentes do veneno de L. laeta e revelar possíveis variações deste, fornecemos uma visão geral das toxinas presentes na glândula de veneno de L. laeta peruana, usando uma biblioteca de cDNA sequenciada por MiSeq (Illumina), e comparamos os dados obtidos com o transcriptoma baseado em Expressed Sequence Tags (EST) de glândulas de veneno de L. laeta brasileira de Fernandes-Pedrosa, 2008. A técnica de SPOT consiste na síntese de peptídeos em uma membrana de celulose e é uma ferramenta simples e de baixo custo para aplicações biotecnológicas e estudos de grande número de dados, como é o caso da análise transcriptômica de L. laeta. Apesar disso, esta técnica torna-se exaustiva quando uma grande quantidade de sequências com diferentes especificações é utilizada, devido ao extenso tempo gasto para produção das membranas e a análises manuais dos imunoensaios, além do gasto excessivo de materiais e reagentes. Por estes motivos, desenvolveu-se a ferramenta PepLess, um sistema inovador capaz de selecionar e analisar um grande número de sequências simultaneamente, permitindo uma redução considerável na quantidade de membranas produzidas. Com este sistema, é possível a elaboração de membranas com qualidade e especificidade e automaticamente analisar os resultados obtidos nos imunoensaios. Desta forma, todas as técnicas que anteriormente seriam realizadas de forma manual para a produção e utilização de membranas para SPOT synthesis poderão ser automáticas, rápidas e fáceis, permitindo a geração de resultados com melhor eficácia e qualidade e transformando esta técnica em uma poderosa ferramenta para análises complexas. Para comprovar a eficiência e eficácia da ferramenta, utilizou-se dois estudos de caso: A análise completa do transcriptoma de aranhas Loxosceles laeta de origem peruana e a produção de membrana de SPOT com os transcritos das principais serpentes do gênero Micrurus presentes na América do Sul. |
| Abstract: | Accidents involving spiders of the Loxosceles genus are responsible for medical emergencies in several countries in South America. The species Loxosceles laeta is mainly found in Brazil and Peru, and it is responsible for an impressive number of accidents in those countries. To further characterize the components of the L. laeta venom and reveal possible variations in the particular Peruvian population, we provide an overview of the toxins present in the Peruvian L. laeta venom gland, using a cDNA library sequenced by the MiSeq sequencer (Illumina), and compared the data obtained with the transcriptome based on Expressed Sequence Tags (EST) of venom glands of Brazilian L. laeta from Fernandes-Pedrosa, 2008. The SPOT consists in the synthesis of a large number of peptides on a cellulose membrane, and it is a simple and low-cost tool for biotechnological applications and studies with large numbers of data, as is the case of the transcriptomic analysis of Peruvian L. laeta. Nevertheless, this technique becomes exhaustive when a large amount of sequences with different specifications is used, due to the extensive time taken to produce membranes and manual analysis of immunoassays, in addition to the excessive expenditure of materials and reagents. For these reasons, the PepLess tool was developed. It is an innovative device capable of selecting and analyzing a large number of sequences simultaneously, allowing a considerable reduction in the amount of membranes produced. With this system, it is possible to elaborate membranes with quality and specificity and automatically analyze the results obtained in the immunoassays. In this way, all the techniques that would previously be performed manually for the production and use of membranes for spot synthesis, can be automatic, fast and easy, allowing the generation of results with better efficiency and quality and transforming this technique into a powerful tool for complex analysis. To prove the efficiency and effectiveness of the tool, two case studies were used: The complete transcriptome analysis of Loxosceles laeta spiders of Peruvian origin and production of SPOT membrane with transcripts of the main Micrurus snakes present in South America. |
| Subject: | Genética Biologia computacional Peptídeos Aranhas Serpentes |
| language: | por |
| metadata.dc.publisher.country: | Brasil |
| Publisher: | Universidade Federal de Minas Gerais |
| Publisher Initials: | UFMG |
| metadata.dc.publisher.department: | ICB - INSTITUTO DE CIÊNCIAS BIOLOGICAS |
| metadata.dc.publisher.program: | Programa de Pós-Graduação em Genética |
| Rights: | Acesso Aberto |
| URI: | http://hdl.handle.net/1843/45880 |
| Issue Date: | 10-Oct-2021 |
| Appears in Collections: | Teses de Doutorado |
Files in This Item:
| File | Description | Size | Format | |
|---|---|---|---|---|
| Tese de Doutorado Raíssa Medina - Repositorio UFMG.pdf | 12.81 MB | Adobe PDF | View/Open |
Items in DSpace are protected by copyright, with all rights reserved, unless otherwise indicated.