Epidemic spread of SARS-CoV-2 lineage B.1.1.7 in Brazil

Abstract

O surgimento de diversas linhagens portadoras de mutações com significado funcional e transmissibilidade potencialmente aumentada impõe uma maior dificuldade na contenção da pandemia de SARS-CoV-2. Embora existam relatos sobre a disseminação de algumas dessas linhagens para outras regiões brasileiras, um único relato de dois casos da linhagem B.1.1.7 em São Paulo foi publicado, e a extensão de sua disseminação geográfica é atualmente desconhecida. Portanto, realizamos um estudo de epidemiologia genômica focado em caracterizar a disseminação dessa linhagem em um contexto nacional. As amostras foram obtidas do Instituto Hermes Pardini (HP) e filtramos retrospectivamente nosso conjunto de dados para amostras positivas apresentando amplificação do gene N (Cycle threshold < 30) e SGTF. Fragmentos amplificados abrangendo todo o genoma de SARS-CoV-2 e bibliotecas de DNA foram preparados usando QIAseq SARS-CoV-2 Primer Panel e QIAseq FX DNA Library Kit, respectivamente. O sequenciamento foi realizado no instrumento Illumina MiSeq. As sequências consensuais do genoma foram obtidas com um pipeline personalizado e foram classificadas usando o software PANGOLIN. Os resultados mostram que todas as amostras sequenciadas tinham cobertura do genoma acima de 75% (cobertura média de 10x: 97,3%, intervalo: 79,8–99,8%; cobertura média de 100x: 88%, intervalo: 5–98,8%) e o PANGOLIN os classificou como linhagem B. 1.1.7, consistente com a estratégia de amostragem empregada. Enquanto alguns clados estavam relacionados a estados específicos, como São Paulo ou Minas Gerais, outros continham sequências de até três estados, revelando a mistura de cepas de vírus em diferentes estados impulsionados pela mobilidade humana. Oito sequências únicas agrupadas separadamente com amostras internacionais, sugerindo que pelo menos 21 introduções ocorreram. Isso é provavelmente uma subestimação, e análises filogeográficas mais extensas ainda precisam ser realizadas com um número maior de amostras e conjuntos de dados balanceados no futuro.