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http://hdl.handle.net/1843/51255
Type: | Artigo de Periódico |
Title: | Epidemic spread of SARS-CoV-2 lineage B.1.1.7 in Brazil |
Other Titles: | Disseminação epidêmica da linhagem B.1.1.7 do SARS-CoV-2 no Brasil |
Authors: | Filipe Romero Rebello Moreira Daniel Costa Queiroz Rafael Marques de Souza Victor Emmanuel Viana Geddes Walyson Coelho Costa Rennan Garcias Moreira Nuno Rodrigues Faria Carolina Moreira Voloch Renan Pedra de Souza Renato Santana de Aguiar Diego Menezes Bonfim Danielle Alves Gomes Zauli Joice do Prado Silva Aline Brito de Lima Frederico Scott Varella Malta Alessandro Clayton de Souza Ferreira Victor Cavalcanti Pardini Wagner Carlos Santos Magalhães |
Abstract: | The emergence of diverse lineages harboring mutations with functional significance and potentially enhanced transmissibility imposes an increased difficulty on the containment of the SARS-CoV-2 pandemic. While reports on the spread of some of these lineages to other Brazilian regions exist, a single report on two cases of lineage B.1.1.7 in São Paulo has been published, and the extent of its geographic spread is currently unknown. Therefore, we conducted a genomic epidemiology study focused on characterizing the dissemination of this lineage in a national context. Samples were obtained from the Hermes Pardini Institute (HP) and we retrospectively filtered our dataset for positive samples presenting N gene amplification (Cycle threshold < 30) and SGTF. Amplified fragments spanning the whole genome of SARS-CoV-2 and DNA libraries were prepared using QIAseq SARS-CoV-2 Primer Panel and QIAseq FX DNA Library Kit, respectively. Sequencing was performed in the Illumina MiSeq instrument. Consensus genome sequences were obtained with a custom pipeline and were classified using the PANGOLIN software. The results show that All sequenced samples had genome coverage above 75% (mean 10x coverage: 97.3%, range: 79.8–99.8%; mean 100x coverage: 88%, range: 5–98.8%) and PANGOLIN classified them as lineage B.1.1.7, consistent with the sampling strategy employed. While some clades were related to specific states, such as São Paulo or Minas Gerais, others contained sequences from up to three states, revealing the mixing of virus strains across different states driven by human mobility. Eight unique sequences grouped separately with international samples, suggesting at least 21 introductions occurred. This is likely an underestimate, and more extensive phylogeographic analyses remain to be conducted with a higher number of samples and balanced datasets in the future. |
Abstract: | O surgimento de diversas linhagens portadoras de mutações com significado funcional e transmissibilidade potencialmente aumentada impõe uma maior dificuldade na contenção da pandemia de SARS-CoV-2. Embora existam relatos sobre a disseminação de algumas dessas linhagens para outras regiões brasileiras, um único relato de dois casos da linhagem B.1.1.7 em São Paulo foi publicado, e a extensão de sua disseminação geográfica é atualmente desconhecida. Portanto, realizamos um estudo de epidemiologia genômica focado em caracterizar a disseminação dessa linhagem em um contexto nacional. As amostras foram obtidas do Instituto Hermes Pardini (HP) e filtramos retrospectivamente nosso conjunto de dados para amostras positivas apresentando amplificação do gene N (Cycle threshold < 30) e SGTF. Fragmentos amplificados abrangendo todo o genoma de SARS-CoV-2 e bibliotecas de DNA foram preparados usando QIAseq SARS-CoV-2 Primer Panel e QIAseq FX DNA Library Kit, respectivamente. O sequenciamento foi realizado no instrumento Illumina MiSeq. As sequências consensuais do genoma foram obtidas com um pipeline personalizado e foram classificadas usando o software PANGOLIN. Os resultados mostram que todas as amostras sequenciadas tinham cobertura do genoma acima de 75% (cobertura média de 10x: 97,3%, intervalo: 79,8–99,8%; cobertura média de 100x: 88%, intervalo: 5–98,8%) e o PANGOLIN os classificou como linhagem B. 1.1.7, consistente com a estratégia de amostragem empregada. Enquanto alguns clados estavam relacionados a estados específicos, como São Paulo ou Minas Gerais, outros continham sequências de até três estados, revelando a mistura de cepas de vírus em diferentes estados impulsionados pela mobilidade humana. Oito sequências únicas agrupadas separadamente com amostras internacionais, sugerindo que pelo menos 21 introduções ocorreram. Isso é provavelmente uma subestimação, e análises filogeográficas mais extensas ainda precisam ser realizadas com um número maior de amostras e conjuntos de dados balanceados no futuro. |
Subject: | Epidemiologia Genômica SARS-CoV-2 Pandemias Brasil |
language: | eng |
metadata.dc.publisher.country: | Brasil |
Publisher: | Universidade Federal de Minas Gerais |
Publisher Initials: | UFMG |
metadata.dc.publisher.department: | ICB - INSTITUTO DE CIÊNCIAS BIOLOGICAS |
Rights: | Acesso Aberto |
metadata.dc.identifier.doi: | https://doi.org/10.3390/v13060984 |
URI: | http://hdl.handle.net/1843/51255 |
Issue Date: | 26-May-2021 |
metadata.dc.url.externa: | https://www.mdpi.com/1999-4915/13/6/984 |
metadata.dc.relation.ispartof: | Viruses |
Appears in Collections: | Artigo de Periódico |
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