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http://hdl.handle.net/1843/55474
Type: | Dissertação |
Title: | Genes de transporte de membrana como ferramentas de prognóstico e preditores de resposta à quimioradioterapia em pacientes com câncer cervical |
Authors: | Natália Gregório Custódio |
First Advisor: | Vasco Ariston de Carvalho Azevedo |
First Co-advisor: | Wander de Jesus Jeremias |
First Referee: | Izinara Rosse da Cruz |
Second Referee: | Maria Raquel Santos Carvalho |
Abstract: | Introdução: O câncer do colo do útero é o quarto câncer feminino mais comum em todo o mundo. Melhorar a sobrevida continua sendo o objetivo do tratamento no cenário clínico. Embora alguns avanços tenham sido feitos nas tecnologias de rastreamento do câncer do colo do útero, a taxa de sobrevivência e a resposta ao tratamento permanecem baixas. Os transportadores de membrana englobam muitas proteínas responsáveis por manter quantidades adequadas de moléculas dentro e fora das células. Dentre elas, destaca-se a família da ATPase e ATP sintase por seu envolvimento no processo de resistência à quimioterapia e acúmulo de platina em células inteiras. Proteínas transportadoras de soluto (SLC) também foram destacadas por desempenhar papéis críticos no movimento de agentes citotóxicos através da membrana celular neoplásica. O potencial para determinar eficácia, toxicidade e resistência à quimioterapia torna esses transportadores promissores biomarcadores preditivos para o câncer cervical. Objetivo: O presente estudo visa identificar o perfil de expressão de genes relacionados ao transporte de membrana como biomarcadores para quimioradioterapia em CC. Métodos: Seleção de células ativadas por fluorescência (FACS) foi usada para isolar células não-tronco (NCCSCs) de biópsias de câncer cervical. A biblioteca de cDNA de amostras de 21 pacientes respondedores (R) e 10 não respondedores (NR) foi construída e sequenciada usando o NextSeq® 550 Da plataforma Illumina. A análise de expressão foi realizada usando o pacote DESeq2 no programa R, considerando genes diferencialmente expressos (DEGs) para aqueles com mudança de dobra de log > 1 ou < -1 e padj ≤ 0,05. O teste estatístico de Wald e o ajuste do valor p com o método Hochberg de Benjamini também foram realizados com a mesma ferramenta. Árvores de decisão com genes expressos diferencialmente (DEGs) relacionados a transportadores de membrana foram analisadas usando o software WEKA. Resultados: Dois grandes grupos de genes com perfis de expressão diferencial opostos foram revelados. O primeiro grupo, composto principalmente pelas famílias SLC35, ATP1 e ATP5, apresentou genes superexpressos em pacientes NR em comparação com pacientes R. O segundo grupo, representado principalmente pelas famílias SLC25 e ATP6, foi superexpresso em pacientes R em comparação com pacientes NR. Os métodos de árvore de decisão definem o perfil dos genes ATP1B3 e SLCOB3 como capazes de classificar os pacientes em respondedores e não respondedores e para isso é necessário o corte de contagens com uma precisão de 90% no LOOCV. Os resultados sugerem que as assinaturas baseadas em ATP1B3 e SLCOB3 são candidatos a preditores de resposta à quimioradioterapia. |
Abstract: | Introduction: Cervical cancer is women's fourth most common cancer worldwide. Improving survival remains the goal of the treatment in the clinical setting. Although some advances have been made in cervical cancer screening technologies, the survival rate and response to treatment remain poor. Membrane transporters encompass many proteins responsible for maintaining proper amounts of molecules inside and outside the cells. Among them, the family of ATPase and ATP synthase stands out for their involvement in the process of resistance to chemotherapy and platinum accumulation in whole cells. Solute carrier proteins (SLC) have also been highlighted for playing critical roles in the movement of cytotoxic agents across the neoplastic cell membrane. The potential to determine efficacy, toxicity, and resistance to chemotherapy makes these transporters promising predictive biomarkers for cervical cancer. Objective: The present study aims to identify the expression profile of genes related to membrane transport as biomarkers to chemoradiotherapy in CC. Methods: Fluorescence-activated cell sorting (FACS) was used to isolate non-stem cells (NCCSCs) from cervical cancer biopsies. The cDNA library of samples from 21 responders (R) and 10 non-responders (NR) patients were constructed and sequenced using the Illumina platform. Expression analysis was performed using the DESeq2 package in the R program, considering differentially expressed genes (DEGs) for those with log fold change > 1 or < -1 and padj ≤ 0.05. Wald's statistical test and p-value adjustment with Benjamini's Hochberg method were also performed with the same tool. Decision trees with differentially expressed genes (DEGs) related to membrane transporters were analyzed using WEKA software. Results: Two large groups of genes with opposite differential expression profiles were revealed. The first group, composed mainly of the SLC35, ATP1, and ATP5 families, showed overexpressed genes in NR patients compared to R patients. The second group, mainly represented by the SLC25 and ATP6 families, was overexpressed in R patients compared to NR patients. Decision tree methods define the profile of ATP1B3 and SLCO1B3 genes as capable of classifying patients into responders and non-responders and cut-off of counts is necessary to this with an accuracy of 90% in LOOCV. The results suggest ATP1B3 and SLCO1B3 signature-based are candidate predictors of response to chemoradiotherapy. |
Subject: | Genética Neoplasias do Colo do Útero Proteínas de Membrana Transportadoras Proteínas Carreadoras de Solutos Resistencia a Medicamentos Antineoplásicos |
language: | por |
metadata.dc.publisher.country: | Brasil |
Publisher: | Universidade Federal de Minas Gerais |
Publisher Initials: | UFMG |
metadata.dc.publisher.program: | Programa de Pós-Graduação em Genética |
Rights: | Acesso Restrito |
URI: | http://hdl.handle.net/1843/55474 |
Issue Date: | 27-Apr-2023 |
metadata.dc.description.embargo: | 27-Apr-2025 |
Appears in Collections: | Dissertações de Mestrado |
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Dissertação_Natalia_correta_1.pdf ???org.dspace.app.webui.jsptag.ItemTag.restrictionUntil??? 2025-04-27 | GENES DE TRANSPORTE DE MEMBRANA COMO FERRAMENTAS DE PROGNÓSTICO E PREDITORES DE RESPOSTA À QUIMIORADIOTERAPIA EM PACIENTES COM CÂNCER CERVICAL | 957.71 kB | Adobe PDF | View/Open Request a copy |
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