Please use this identifier to cite or link to this item:
http://hdl.handle.net/1843/64212
Type: | Tese |
Title: | MALDI-TOF MS para diferenciação de isolados de Corynebacterium pseudotuberculosis biovar Ovis e Equi, e caracterização de uma nova espécie de Dietzia |
Authors: | Roselane Gonçalves dos Santos |
First Advisor: | Dr. Vasco Azevedo |
First Co-advisor: | Dr. Sandeep Tiwari |
First Referee: | Dra. Flavia Figueira Aburjaile |
Second Referee: | Dr. Mateus Matiuzzi da Costa |
Third Referee: | Dra. Paula Carvalhal Lage von Buettner Ristow |
metadata.dc.contributor.referee4: | Dr. Thiago Motta Venancio |
Abstract: | Corynebacterineae é uma subordem de bactérias bacilares Gram-positivas, ácido-álcool resistentes, geralmente aeróbias, da ordem dos Actinomycetales, que inclui diversos gêneros como Corynebacterium e Dietzia. Corynebacterium pseudotuberculosis é uma bactéria de grande importância veterinária que leva a grandes prejuízos ao agronegócio, necessitando de melhor conhecimento biológico para se alcançar um controle das doenças. Por outro lado, espécies do gênero Dietzia estão amplamente distribuídas no ambiente, apresentando um papel oportunista, com algumas espécies apresentando taxonomia ainda indeterminada. Métodos bioquímicos, sorológicos e moleculares têm sido desenvolvidos para o diagnóstico laboratorial de doenças causadas por C. pseudotuberculosis, entretanto a identificação do patógeno e a diferenciação dos biovares algumas vezes pode ser imprecisa, e levar a classificações taxonômicas com outras bactérias, ou vice-versa, de forma errônea. Neste estudo realizamos uma análise no MALDI TOF para otimizar a identificação e diferenciação de biovares de C. pseudotuberculosis. Nossos dados mostram que a análise MALDI TOF são úteis para identificar C. pseudotuberculosis em nível de espécie e biovares, bem como para identificar outras cepas pertencendo a outros gêneros/espécies, como foi encontrado neste trabalho. Durante essa otimização recebemos uma cepa identificada como C. pseudotuberculosis, entretanto o resultado do PCR quadruplex, comumente utilizada para identificação de C. pseudotuberculosis, foi negativa, e ao utilizarmos o MALDI TOF para essa identificação, foi possível identificar como uma cepa pertencendo ao gênero Dietzia. Baseado nesses achados, neste trabalho partimos então para a caracterização genômica realizando o sequenciamento do isolado, análises da similaridade genômica entre o nosso isolado e as espécies de Dietzia disponível em banco de dados públicos, análises fenotípicas da cepa, usando como padrão espécies já descritas para o gênero, bem como algumas análises bioquímicas. Os resultados das análises genômicas, testes fisiológicos e bioquímicos utilizados para a caracterização de uma nova espécie determinaram que essa cepa é diferente das espécies conhecidas do gênero Dietzia. As análises de genômica comparativa fornecem informações sobre a diversidade genômica, taxonomia e adaptação o gênero Dietzia e são um recurso valioso para estudos genômicos funcionais, proporcionando resultados mais abrangentes que o convencional, auxiliando na identificação correta e melhorando o entendimento de sua patologia oportunista. Além disso, os dados deste trabalho sugerem que o isolado seja classificado como representante de uma nova espécie do gênero Dietzia, denominada Dietzia calabriae. |
Abstract: | Corynebacterineae is a suborder of Gram-positive, acid-alcohol resistant, usually aerobic, bacillary bacteria of the order Actinomycetales, which includes several genera such as Corynebacterium and Dietzia. Corynebacterium pseudotuberculosis is a bacterium of great veterinary importance that leads to great damage to agribusiness, requiring better biological knowledge to achieve disease control. On the other hand, species of the genus Dietzia are widely distributed in the environment, presenting an opportunistic role, with some species presenting an undetermined taxonomy. Biochemical, serological, and molecular methods have been developed for the laboratory diagnosis of diseases caused by C. pseudotuberculosis, however, the identification of the pathogen and the differentiation of biovars can sometimes be imprecise, and lead to taxonomic classifications with other bacteria, or vice versa, erroneously. In this study, we performed a MALDI TOF analysis to optimize the identification and differentiation of C. pseudotuberculosis biovars. Our data show that the MALDI TOF analysis is useful to identify C. pseudotuberculosis at the species and biovars level, as well as to identify other strains belonging to other genera/species, as was found in this work. During this optimization, we received a strain identified as C. pseudotuberculosis, however, the result of the quadruplex PCR, commonly used to identify C. pseudotuberculosis, was negative, and when we used the MALDI TOF for this identification, it was possible to identify it as a strain belonging to the genus Dietzia. Based on these findings, in this work we set out for the genomic characterization, performing the sequencing of the isolate, analysis of the genomic similarity between our isolate and the species of Dietzia available in public databases, phenotypic analysis of the strain, using as standard species already described for the genus, as well as some biochemical analyses. The results of the genomic analyses and physiological and biochemical tests used for the characterization of a new species determined that this strain is different from the known species of the genus Dietzia. Comparative genomic analyzes provide information on genomic diversity, taxonomy, and adaptation to the genus Dietzia and are a valuable resource for functional genomic studies, providing more comprehensive results than conventional ones, helping in the correct identification and improving the understanding of its opportunistic pathology. In addition, data from this work suggest that the isolate be classified as a representative of a new species of the genus Dietzia, called Dietzia calabriae. |
Subject: | Bioinformática Actinomycetales Corynebacterium pseudotuberculosis Genômica |
language: | por |
metadata.dc.publisher.country: | Brasil |
Publisher: | Universidade Federal de Minas Gerais |
Publisher Initials: | UFMG |
metadata.dc.publisher.program: | Programa de Pós-Graduação em Bioinformatica |
Rights: | Acesso Aberto |
URI: | http://hdl.handle.net/1843/64212 |
Issue Date: | 14-Dec-2023 |
Appears in Collections: | Teses de Doutorado |
Files in This Item:
File | Description | Size | Format | |
---|---|---|---|---|
Roselane_tese_final.pdf | 16.47 MB | Adobe PDF | View/Open |
Items in DSpace are protected by copyright, with all rights reserved, unless otherwise indicated.