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http://hdl.handle.net/1843/72648
Type: | Artigo de Periódico |
Title: | Tempo and mode of genome evolution in the budding yeast subphylum |
Authors: | Xing-xing Shen Drew T. Doering James T. Boudouris Rachel M. Schneider Quinn K. Langdon Moriya Ohkuma Rikiya Endoh Masako Takashima Ri-ichiroh Manabe Neža Čadež Diego Libkind Dana A. Opulente Carlos Augusto Rosa Jeremy DeVirgilio Amanda Beth Hulfachor Marizeth Groenewald Cletus P. Kurtzman Chris Todd Hittinger Antonis Rokas Jacek Kominek Xiaofan Zhou Jacob L. Steenwyk Kelly V. Buh Max A. B. Haase Jennifer H. Wisecaver Mingshuang Wang |
Abstract: | Budding yeasts (subphylum Saccharomycotina) are found in every biome and are as genetically diverse as plants or animals. To understand budding yeast evolution, we analyzed the genomes of 332 yeast species, including 220 newly sequenced ones, which represent nearly one-third of all known budding yeast diversity. Here, we establish a robust genus-level phylogeny comprising 12 major clades, infer the timescale of diversification from the Devonian period to the present, quantify horizontal gene transfer (HGT), and reconstruct the evolution of 45 metabolic traits and the metabolic toolkit of the budding yeast common ancestor (BYCA). We infer that BYCA was metabolically complex and chronicle the tempo and mode of genomic and phenotypic evolution across the subphylum, which is characterized by very low HGT levels and widespread losses of traits and the genes that control them. More generally, our results argue that reductive evolution is a major mode of evolutionary diversification. |
Abstract: | Leveduras em brotamento (subfilo Saccharomycotina) são encontradas em todos os biomas e são tão geneticamente diversas quanto plantas ou animais. Para entender a evolução das leveduras em formação, analisamos os genomas de 332 espécies de leveduras, incluindo 220 recém-sequenciadas, que representam quase um terço de toda a diversidade conhecida de leveduras em formação. Aqui, estabelecemos uma filogenia robusta em nível de gênero compreendendo 12 clados principais, inferimos a escala de tempo da diversificação desde o período Devoniano até o presente, quantificamos a transferência horizontal de genes (HGT) e reconstruímos a evolução de 45 características metabólicas e o kit de ferramentas metabólicas do ancestral comum da levedura em formação (BYCA). Inferimos que o BYCA era metabolicamente complexo e narra o ritmo e o modo de evolução genômica e fenotípica em todo o subfilo, que é caracterizado por níveis muito baixos de HGT e perdas generalizadas de características e dos genes que os controlam. De forma mais geral, os nossos resultados argumentam que a evolução redutiva é um modo importante de diversificação evolutiva. |
Subject: | Ascomicetos Sequenciamento de nucleotídeos em larga escala Genômica Filogenia Transferência genética horizontal |
language: | eng |
metadata.dc.publisher.country: | Brasil |
Publisher: | Universidade Federal de Minas Gerais |
Publisher Initials: | UFMG |
metadata.dc.publisher.department: | ICB - DEPARTAMENTO DE BOTÂNICA ICB - DEPARTAMENTO DE MICROBIOLOGIA |
Rights: | Acesso Aberto |
metadata.dc.identifier.doi: | https://doi.org/10.1016/j.cell.2018.10.023 |
URI: | http://hdl.handle.net/1843/72648 |
Issue Date: | 2018 |
metadata.dc.url.externa: | https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0092867418313321 |
metadata.dc.relation.ispartof: | Cell |
Appears in Collections: | Artigo de Periódico |
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