Use este identificador para citar o ir al link de este elemento:
http://hdl.handle.net/1843/72730| Tipo: | Monografia (especialização) |
| Título: | Análise do conjunto de tRNA em Nucleocytoviricota |
| Autor(es): | Thaís Inês Régis Moreira |
| primer Tutor: | Rodrigo Araújo Lima Rodrigues |
| primer miembro del tribunal : | Mateus Sá Magalhães Serafim |
| Resumen: | Os vírus gigantes, tradicionalmente conhecidos como vírus grandes de DNA nucleocitoplasmáticos (NCLDV), fazem parte do novo filo estabelecido em 2023 pelo Comitê Internacional de Taxonomia de Vírus (ICTV), o filo Nucleocytoviricota. Os longos genomas dos vírus gigantes codificam genes envolvidos no processo de tradução de proteínas, como os RNA de transferência (tRNA) e as aminoacil tRNA sintetases (aaRS). Esses componentes não foram relatados anteriormente em outros vírus até o sequenciamento do genoma do primeiro vírus gigante de ameba, o Mimivirus bradfordmassiliense (originalmente denominado como Acanthamoeba polyphaga mimivírus - APMV). No presente trabalho foi possível fazer um estudo da prevalência dos tRNA a partir de uma pesquisa em larga escala buscando por genes de tRNA em genomas de grupos de vírus gigantes que infectam amebas de vida livre. Foram descobertos que das setenta sequências depositadas no GenBank até 31/12/2022 oriundas de vírus isolados, quarenta e oito continham ao menos um gene de tRNA. Essa distribuição se concentrou principalmente nos Tupanvírus, que são os detentores do maior e mais diverso aparato de tradução, e nos Mimivírus, grupo com um grande número de isolados. Encontrou-se grande diversidade na identidade do anticódon, mas foi observado uma tendência entre os vírus para aqueles correspondentes principalmente ao aminoácido leucina. A organização desses tRNA em agrupamentos também foi alvo de análise e ocorreu em vírus com elevada quantidade de tRNA codificados, como o Tupanvírus e o Yasminevírus. Os íntrons contidos nesses genes também foram avaliados e fizeram-se presentes em trinta e quatro genomas. Não foi possível traçar uma árvore filogenética dos tRNA em vírus gigantes de amebas, mas pode-se observar que, em sua maioria, as sequências apresentaram alta taxa de conservação entre os membros dos grupos ao qual pertencem. Os dados obtidos neste trabalho demonstram a grande diversidade e complexidade da maquinaria de tradução dos vírus gigantes. Análises envolvendo outros componentes do aparato traducional fornecerão uma visão geral dessa área ainda pouco explorada da genômica dos vírus gigantes. |
| Abstract: | Giant viruses, commonly known as large nucleocytoplasmic DNA viruses (NCLDV), are part of the new phylum established in 2023 by the International Committee on Taxonomy of Viruses (ICTV), the phylum Nucleocytoviricota. The long genomes of giant viruses encode genes involved in the process of protein translation, such as transfer RNA (tRNA) and aminoacyl tRNA synthetases (aaRS). These components were not previously reported in other viruses until the sequencing of the genome of the first giant virus of amoeba, Mimivirus bradfordmassiliense (originally called Acanthamoeba polyphaga Mimivirus - APMV). In the present work, it was possible to study the prevalence of tRNA through a large-scale search for tRNA genes in the genomes groups of giant viruses that infect free-living amoebas. It was found that the seventy sequences deposited in GenBank from isolated viruses, forty-eight of them contained at least one tRNA gene. This distribution was highly present in the Tupanviruses, which have the largest translation apparatus, and the Mimiviruses, a group with a great number of isolates. A considerable diversity was found in the identification of the anticodon, however a tendency among the viruses towards those corresponding mainly to the amino acid leucine more evident. The organization of these tRNA into clusters was analyzed and occurred in viruses with a high number of encoded tRNA, such as Tupanvirus and Yasminevirus. The introns contained in these genes were also evaluated and were detected in thirty-four genomes. It was not possible to build a phylogenetic tree of the tRNA in giant viruses, despite being that, for the most part, the sequences showed a high rate of conservation among the members of the groups to which they belong. The data obtained in this study demonstrates the diversity and complexity of the translation machinery of giant viruses. Further analyses involving other components of the translational apparatus could provide a new overview of this still largely unexplored area of giant virus genomics. |
| Asunto: | Microbiologia RNA de Transferência Vírus Gigantes |
| Idioma: | por |
| País: | Brasil |
| Editor: | Universidade Federal de Minas Gerais |
| Sigla da Institución: | UFMG |
| Curso: | Programa de Pós-Graduação em Ciência da Computação |
| Tipo de acceso: | Acesso Aberto |
| URI: | http://hdl.handle.net/1843/72730 |
| Fecha del documento: | 29-sep-2023 |
| Aparece en las colecciones: | Especialização em Microbiologia |
archivos asociados a este elemento:
| archivo | Descripción | Tamaño | Formato | |
|---|---|---|---|---|
| Análise de tRNA em nucleocytoviricota.pdf | 5.14 MB | Adobe PDF | Visualizar/Abrir |
Los elementos en el repositorio están protegidos por copyright, con todos los derechos reservados, salvo cuando es indicado lo contrario.