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http://hdl.handle.net/1843/74376
Tipo: | Dissertação |
Título: | Re-sequenciamento de Corynebacterium pseudotuberculosis e a busca por mecanismos de tropismo pelo hospedeiro |
Autor(es): | Enrico Giovanelli Tacconi Gimenez |
Primeiro Orientador: | Vasco Ariston de Carvalho Azevedo |
Primeiro Coorientador: | Marcus VInícius Canário Viana |
Primeiro membro da banca : | Bruno Silva Andrade |
Segundo membro da banca: | Sandeep Tiwari |
Resumo: | Corynebacterium pseudotuberculosis é o agente causador da linfadenite caseosa (CLA) em vários animais, incluindo camelídeos, ruminantes, cavalos e humanos. A CLA pode resultar em perdas econômicas graves, especialmente em camelídeos, que são muito valorizados como animais de companhia. Pouco se sabe sobre os mecanismos envolvidos no tropismo por diferentes hospedeiros. A linhagem Cp162 isolada de camelo é a única deste hospedeiro que teve o seu genoma sequenciado. Este estudo teve como objetivo avaliar a evolução das montagens do genoma da linhagem Cp162, identificar possíveis genes relacionados ao tropismo por seu hospedeiro e compreender a diversidade genômica de C. pseudotuberculosis por meio de análises de genômica comparativa e filogenia. Desde a primeira montagem, houve um aumento de 88 Kb, 121 genes codificadores de proteínas, redução no número de pseudogenes e a correção de duas inversões e um rearranjo. Em comparação com 129 outros genomas da espécie, Cp162 possui quatro genes exclusivos, que codificam duas transposases e dois genes truncados. Três genes exclusivamente ausentes desta linhagem são lysG e dois que codificam “NUDIX domain protein”, e uma proteína hipotética. Nenhum gene pôde ser associado ao tropismo ao hospedeiro camelo, o que sugere que o tropismo poderia estar associado a polimorfismos de sequência ao invés de presença e ausência de genes, e mais genomas deste hospedeiro precisam ser analisados. A análise mostrou que o pangenoma de C. pseudotuberculosis é fechado, mas existem muitos genes desconhecidos neste genoma que podem estar associados ao tropismo para outros hospedeiros. |
Abstract: | Corynebacterium pseudotuberculosis is the causative agent of caseous lymphadenitis (CLA) in several animals, including camelids, ruminants, horses and humans. CLA can result in severe economic losses, especially in camelids, which are highly valued as companion animals. Little is known about the mechanisms involved in tropism for different hosts. Cp162 strain isolated from camel is the only one of this host that had its genome sequenced. This study aimed to evaluate the evolution of genome assemblies of the Cp162 lineage, identify possible genes related to host tropism and understand the genomic diversity of C. pseudotuberculosis through comparative genomics and phylogeny analyses. Since the first assembly, there was an increase of 88 kb, 121 protein coding genes, a reduction in the number of pseudogenes and correction of two inversions and one rearrangement. Compared to 129 other genomes of the species, Cp162 has four unique genes, which encode two transposases and two truncated genes. Three genes uniquely missing from this lineage are lysG and two that encode “NUDIX domain protein”, and a hypothetical protein. No genes could be associated with the camel host tropism, which suggests that the tropism could be associated with sequence polymorphisms rather than the presence and absence of genes, and more genomes from this host need to be analyzed. The analysis showed that the C. pseudotuberculosis pangenome is closed, but there are many unknown genes in this genome that may be associated with tropism for other hosts. |
Assunto: | Bioinformática Sequenciamento de Nucleotídeos em Larga Escala Corynebacterium pseudotuberculosis Genômica |
Idioma: | por |
País: | Brasil |
Editor: | Universidade Federal de Minas Gerais |
Sigla da Instituição: | UFMG |
Departamento: | ICB - INSTITUTO DE CIÊNCIAS BIOLOGICAS |
Curso: | Programa de Pós-Graduação em Bioinformatica |
Tipo de Acesso: | Acesso Aberto |
metadata.dc.rights.uri: | http://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/3.0/pt/ |
URI: | http://hdl.handle.net/1843/74376 |
Data do documento: | 29-Set-2023 |
Aparece nas coleções: | Dissertações de Mestrado |
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