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http://hdl.handle.net/1843/74490
Tipo: | Tese |
Título: | Parâmetros Genéticos, Análise Funcional de Genes Candidatos e Efeitos Pleiotrópicos para Características de Interesse Econômico em Bovinos Senepol |
Autor(es): | Clélia Soares de Assis |
Primeiro Orientador: | Idalmo Garcia Pereira |
Primeiro Coorientador: | Gilberto Romeiro de Oliveira Menezes |
metadata.dc.contributor.advisor-co2: | Leandro Sâmia Lopes |
Primeiro membro da banca : | Giovanna Faria de Moraes |
Segundo membro da banca: | Joana Ribeiro da Glória |
Terceiro membro da banca: | Leila Genova Gaya |
Quarto membro da banca: | Sarah Laguna Conceição Meirelles |
Resumo: | A compreensão da arquitetura genética de características de eficiência alimentar e sua relação com outras características de interesse econômico, como características de carcaça e qualidade da carne, poderá promover benefícios sustentáveis à atividade da pecuária de corte. Foram avaliados dados de 42.251 bovinos Senepol, fêmeas e machos (castrados e não castrados). Analisou-se as características: consumo alimentar residual (CAR), consumo de matéria seca (CMS), área de olho de lombo (AOL), espessura de gordura subcutânea (EGS) e marmoreio (MAR). Estimou-se os componentes de (co)variância, herdabilidades e correlações genéticas com aplicação do BLUP convencional e ssGBLUP genômico, validando-se o uso de informações genômicas na predição genética das características em estudo por meio de uma análise de regressão linear (RL). Os valores genéticos e as soluções Single Nucleotide Polymorphism (SNP) foram obtidos por meio do método ssGBLUP genômico. Dos 42.251 bovinos, 4.419 bovinos genotipados foram utilizados em estudos de associação genômica ampla para identificar janelas genômicas que explicam ao menos 1% da variância genética para as características em estudo. A anotação dos genes candidatos posicionais foi realizada pelo pacote GALLO/R. Para identificar os genes candidatos funcionais (FCG), adotou-se uma abordagem de biologia de sistemas, utilizando software como GUILDify e ToppGene. As estimativas de herdabilidade, obtidas pelos métodos BLUP e ssGBLUP genômico foram consistentes para a maioria das características. As correlações genéticas obtidas pelo ssGBLUP genômico, de modo geral, apresentaram um decréscimo, contudo não se observou diferença devido à sobreposição dos intervalos de alta densidade. As acurácias de predição obtidas por meio do método ssGBLUP genômico foram, em sua maioria, superiores que para BLUP, portanto a inclusão de informações genômicas propiciou uma melhoria nas acurácias de predição. Oito FCGs foram compartilhados entre, ao menos, duas características, sugerindo possível controle simultâneo das características correlacionadas. A identificação de regiões genômicas e seus respectivos genes pode permitir a compreensão da arquitetura genética do CAR em bovinos Senepol. Esses resultados são promissores para a atividade da pecuária de corte, pois podem servir de guias para avaliar a arquitetura genética de características de eficiência alimentar e sua relação com outras características de interesse econômico, avaliadas em diferentes ambientes. |
Abstract: | Understanding the genetic architecture of feed efficiency traits and their relationship with other traits of economic interest, with carcass traits and meat quality, may promote sustainable benefits to beef cattle farming activities. Data from 42,251 Senepol cattle, females and males (castrated and non-castrated) were evaluated. The following characteristics were analyzed: residual food intake (RFI), dry matter intake (DMI), rib eye area (REA), subcutaneous fat thickness (SFT) and marbling (MAR). The components of (co)variance, heritabilities and genetic correlations were estimated using conventional BLUP and genomic ssGBLUP, validating the use of genomic information in the genetic prediction of the characteristics under study through linear regression analysis (RL). Genetic values and Single Nucleotide Polymorphism (SNP) solutions were obtained using the genomic ssGBLUP method. Of the 42,251 cattle, 4,419 genotyped cattle were used in genome-wide association studies to identify genomic windows that explain at least 1% of the genetic variance for the traits under study. The annotation of positional candidate genes was performed using the GALLO/R package. To identify functional candidate genes (FCG), a systems biology approach was adopted, using software such as GUILDify and ToppGene. The heritability estimates obtained by the BLUP and genomic ssGBLUP methods were consistent for most traits. The genetic correlations obtained by genomic ssGBLUP, in general, showed a decrease, however no difference was observed due to the overlap of high-density intervals. The prediction accuracies obtained using the genomic ssGBLUP method were, for the most part, higher than for BLUP, therefore the inclusion of genomic information provided an improvement in prediction accuracies. Eight FCGs were shared between at least two traits, suggesting possible simultaneous control of correlated traits. The identification of genomic regions and their respective genes can allow understanding the genetic architecture of RFI in Senepol cattle. These results are promising for beef cattle farming, as they can serve as guides to evaluate the genetic architecture of feed efficiency traits and their relationship with other traits of economic interest, evaluated in different environments. |
Idioma: | por |
País: | Brasil |
Editor: | Universidade Federal de Minas Gerais |
Sigla da Instituição: | UFMG |
Departamento: | VETER - ESCOLA DE VETERINARIA |
Curso: | Programa de Pós-Graduação em Zootecnia |
Tipo de Acesso: | Acesso Aberto |
metadata.dc.rights.uri: | http://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/3.0/pt/ |
URI: | http://hdl.handle.net/1843/74490 |
Data do documento: | 5-Mar-2024 |
Aparece nas coleções: | Teses de Doutorado |
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