PDBEST - Uma ferramenta de processamento paralelo para aquisição, manipulação, edição e filtragem de arquivos do Protein Data Bank (PDB)

Wellisson Rodrigo Santos Gonçalves

Use este identificador para citar ou linkar para este item: http://hdl.handle.net/1843/BUBD-AEENVN

Tipo:	Dissertação de Mestrado
Título:	PDBEST - Uma ferramenta de processamento paralelo para aquisição, manipulação, edição e filtragem de arquivos do Protein Data Bank (PDB)
Autor(es):	Wellisson Rodrigo Santos Gonçalves
Primeiro Orientador:	Raquel Cardoso de Melo
Primeiro Coorientador:	Valdete Maria Gonçalves de Almeida
Resumo:	Certamente, o Protein Data Bank (PDB), é o principal repositório de dados estruturais de biomoléculas e nas últimas décadas vem crescendo exponencialmente. Essa base de dados contém estruturas de biomoléculas tais como proteínas, DNAs, RNAs e seus ligantes.Seus dados são organizados em arquivos textuais nos quais, além das coordenadas atômicas, uma série de outras informações adicionais são apresentadas. Por motivos diversos, frequentemente, observamos erros ou omissões nestes dados, o que torna árdua, a tarefa de manipulação de um grande volume de dados, que precisam ser tratados previamente antes de serem utilizados em análises através da Bioinformática.Neste aspecto, há uma constante procura por ferramentas computacionais que tenham capacidade de tratar, ordenar, melhorar e uniformizar os arquivos PDB. Na tentativa de responder a estas necessidades, o PDBest foi criado. Este software pode acessar dadoslocais e consultar diretamente o RCSB1, possibilitando de forma simples e direta os mais elaborados ltros disponíveis neste site para consulta. Dentre suas principais funções, é possível separar um arquivo em suas respectivas cadeias; preservar ou retirar atributos de cabeçalho tais como HEADER, TITLE e REMARKS; remover, conservar ou indicar a quantidade de cada estrutura secundária no arquivo, selecionando HELIX e/ou SHEET além de selecionar apenas átomos da cadeiaprincipal ou alguns resíduos especícos, apenas para citar alguns exemplos de uso. Um outro ponto bastante importante é a possibilidade de localizar inconsistências nos arquivos identicando de que tipo são, o que é uma importante contribuição no sentido de melhorar e garantir a qualidade da base de dados a ser trabalhada. Há inúmerasinconsistências representativas nas estruturas resolvidas que podem comprometer a análise dos dados, como por exemplo a falta de átomos, a falta de resíduos e a presença de átomos com múltiplas ocupâncias.E, por m, para facilitar o compartilhamento de informações e a reprodutibilidade de experimentos em Bioinformática, o PDBest possui uma funcionalidade que extrai do programa, um arquivo de protocolo contendo um determinado uxo de trabalho, incluindo as buscas na base de dados e o tratamento que foi dado aos arquivos, possibilitando anexar este protocolo a um estudo ou usar de modelo para ns de ensino.
Assunto:	Processamento paralelo (Computadores) Bioinformática Ferramentas Computação
Idioma:	Português
Editor:	Universidade Federal de Minas Gerais
Sigla da Instituição:	UFMG
Tipo de Acesso:	Acesso Aberto
URI:	http://hdl.handle.net/1843/BUBD-AEENVN
Data do documento:	29-Jun-2015
Aparece nas coleções:	Dissertações de Mestrado

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