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http://hdl.handle.net/1843/BUOS-95YF5R| Type: | Tese de Doutorado |
| Title: | Padrões geográficos de ancestralidade genômica em Minas Gerais: o caso da doença falciforme |
| Authors: | Maria Clara Fernandes da Silva Malta |
| First Advisor: | Eduardo Martin Tarazona Santos |
| First Co-advisor: | Marina Lobato Martins |
| First Referee: | Marina Lobato Martins |
| Second Referee: | Claudio Jose Struchiner |
| Third Referee: | Fabricio Rodrigues dos Santos |
| metadata.dc.contributor.referee4: | Maria Bernadete Lovato |
| metadata.dc.contributor.referee5: | Wilson Araujo Junior |
| Abstract: | A miscigenação é um evento que ocorre quando indivíduos pertencentes a populações parentais que estiveram isoladas por várias gerações, formam uma nova população híbrida. O interesse em se estimar a miscigenação é crítico em estudos de epidemiologia genética do tipo caso-controle envolvendo populações miscigenadas, já que a ocorrência de estratificação gerada pela miscigenação pode levar a resultados falso-positivos. Marcadores que apresentam freqüências alélicas altamente diferenciadas entre populações humanas são especialmente informativos para se estimar a miscigenação e são conhecidos como Marcadores Informativos de Ancestralidade (MIAs). No presente estudo são apresentados dois painéis de MIAs (total de 14 SNPs) desenvolvidos para serem genotipados em duas reações de minisequenciamento. O desempenho desses painéis foi avaliado por meio da comparação dos resultados obtidos usando os 14 SNPs em relação aos resultados obtidos com um painel de 108 MIAs genotipados para os mesmos indivíduos. No nível populacional, o painel de 14 MIAs mostrou-se útil para se estimar a miscigenação européia mas pode superestimar a miscigenação africana e subestimar a miscigenação nativo-americana. Nos testes de desempenho, a adição dos resultados de genotipagem de 40 INDELs, previamente validado para se capturar a estrutura de populações humanas, foi capaz de melhorar as estimativas de miscigenação tanto no nível individual quando no populacional. Esses painéis de 14 SNPs e 40 INDELs foram utilizados para se estimar a miscigenação em indivíduos portadores de doença falciforme (n=200) e indivíduos supostamente sadios, doadores de sangue (n= 291) amostrados em diferentes regiões do estado de Minas Gerais. Os resultados obtidos apontam para uma intensa miscigenação em ambos os grupos, embora uma miscigenação africana mais elevada tenha sido observada entre os pacientes. Variações nos níveis de miscigenação entre as diferentes regiões de Estado de Minas Gerais, bem como entre os indivíduos amostrados em cada região, foram observadas tanto para os pacientes quanto para os doadores. Esses resultados advertem para o risco de associações espúrias em estudos de epidemiologia genética com desenho caso-controle envolvendo esses grupos. Por outro lado, a constatação de que os pacientes portadores de doença falciforme possuem níveis substanciais de miscigenação abre a perspectiva de que se possa empregar a técnica de mapeamento por miscigenação na investigação de polimorfismos genéticos associados às diferentes manifestações clínicas dessa doença. |
| Abstract: | Admixture occurs when individuals from parental populations that have been isolated for hundreds of generations, form a new hybrid population. The interest in estimating admixture is critical in genetic epidemiology studies in admixed populations, since stratification generated by admixture can lead to false-positive associations. Markers with highly differentiated frequencies among human populations are especially informative for estimating admixture and are called Ancestry Informative Markers (AIMs). We present two multiplex panels of AIMs (for a total of 14 SNPs) developed to be genotyped by two mini-sequencing reactions. We tested the performance of these AIMs by comparing results obtained using our 14 AIMs with those obtained using 108 AIMs genotyped in the same individuals. At population level, our 14 AIMs are useful to estimate European admixture, but overestimate African admixture and underestimate Native American admixture. In performance tests, the addition of genotyping results for 40 INDELs, previously validated to capture the structure of human populations, improved the estimative of admixture both at individual and population levels. These panels of 14 SNPs and 40 INDELs were used to estimate admixture in subjects with sickle cell disease (n = 200) and healthy individuals, blood donors (n = 291), sampled in different regions of the state of Minas Gerais. The results point to an intense admixture in both groups, although a higher African admixture was observed among patients. Variations in levels of admixture between the different regions of Minas Gerais, as well as among individuals sampled in each region, were observed for both patients and donors. These results warn of the risk of spurious associations in genetic epidemiology studies with case-control design, involving these groups. Moreover, the finding that patients with sickle cell disease have substantial levels of admixture opens the perspective for the use of admixture mapping strategy in the investigation of genetic polymorphisms associated with different clinical manifestations of this disease |
| Subject: | Miscigenação Anemia falciforme Minisequenciamento Genética |
| language: | Português |
| Publisher: | Universidade Federal de Minas Gerais |
| Publisher Initials: | UFMG |
| Rights: | Acesso Aberto |
| URI: | http://hdl.handle.net/1843/BUOS-95YF5R |
| Issue Date: | 12-Nov-2010 |
| Appears in Collections: | Teses de Doutorado |
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