Algoritmos genéticos acoplados a cálculos quânticos para refinamento de campo de força

Rodrigo Bentes Kato

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DC Field	Value	Language
dc.contributor.advisor1	Jadson Claudio Belchior	pt_BR
dc.contributor.advisor-co1	Gisele Lobo Pappa	pt_BR
dc.creator	Rodrigo Bentes Kato	pt_BR
dc.date.accessioned	2019-08-14T10:30:42Z	-
dc.date.available	2019-08-14T10:30:42Z	-
dc.date.issued	2014-09-25	pt_BR
dc.identifier.uri	http://hdl.handle.net/1843/BUOS-9Q4J9F	-
dc.description.abstract	This work has dealt with the use of Genetic Algorithms (GA) as a method to refine force field parameters in order to determine nucleic acids energies (adenine, guanine, cytosine and uracil). Quantum calculations are carried out for these nucleic acids that are taken as reference data. In this particular study torsion and electrostatic energies are reparametrized in order to test the proposed approach, i.e, GA coupled with quantum mechanics calculations. Overall, RMSE comparison with recent published results for describing nucleic acids energies showed an improvement, on average, of 31%. Finally, the new reparametrized potential energy was used to determine energy and structure of a PDB molecule (1r4h) that was not used to parametrization process. The structure was improved about 81% compared with previous published results.	pt_BR
dc.description.resumo	Neste trabalho é apresentado a aplicação do Algoritmo Genético (AG) como uma metodologia para refinar os parâmetros do campo de força para determinar as energias dos ácidos nucleicos (adenina, guanina, citosina e uracila). São realizados cálculos quânticos para esses ácidos nucleicos, e os seus resultados (energias e estruturas) vão servir como dados de referência para o AG. Para essa abordagem teste (AG acoplado com cálculos quânticos) nós trabalhamos, mais especificamente, com a reparametrização dos termos torcionais e eletrostático do campo de força. Foi realizada uma comparação usando o RMSE (Root Means Squared Error) com resultados recentemente publicados para descrever ácidos nucleicos e mostraram uma melhora, em média, de 31%. Finalmente, o termo potencial reparametrizado foi utilizado para determinar a estrutura de uma molécula de PDB (1r4h) que não foi utilizado para o processo de parametrização. A estrutura foi melhorada em 81% comparada com os resultados publicados anteriomente.	pt_BR
dc.language	Português	pt_BR
dc.publisher	Universidade Federal de Minas Gerais	pt_BR
dc.publisher.initials	UFMG	pt_BR
dc.rights	Acesso Aberto	pt_BR
dc.subject	Bioinformática	pt_BR
dc.subject.other	Teoria quantica de campos	pt_BR
dc.subject.other	Campo de força	pt_BR
dc.subject.other	Bioinformática	pt_BR
dc.subject.other	Algoritmos genéticos	pt_BR
dc.title	Algoritmos genéticos acoplados a cálculos quânticos para refinamento de campo de força	pt_BR
dc.type	Tese de Doutorado	pt_BR
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