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Type: Dissertação de Mestrado
Title: Capri: uma base de dados para análise comparativa de paradigmas paraprospecção de contatos em interfaces proteína-proteína
Authors: Pedro Magalhaes Martins
First Advisor: Raquel Cardoso de Melo
First Co-advisor: Vinicius Diniz Mayrink
Abstract: Estudos que envolvem estrutura de proteínas lidam na maioria das vezes com uma grande quantidade de informação. Para compreender melhor o processo de interações proteína-proteína é necessário estudar os fenômenos que ocorrem em suas interfaces moleculares. Interações podem ser observadas do ponto de vista de resíduos, porém sabe-se que elas ocorrem na realidade em nível atômico. Vários paradigmas propõem formas distintas para definir interações atômicas e sabe-se que é necessário comparar estes paradigmas para melhorar nossa compreensão sobre interações moleculares, permitindo abranger nosso conhecimento sobre os vários mecanismos e funções celulares. Com isso, propomos aqui o banco de dados CAPRI, para análise comparativa entre três paradigmas distintos que são usados paradefinir contatos em interface proteína-proteína. O banco de dados CAPRI possui informações de cerca de 45 mil complexos proteicos, contendo dados quanto as interações realizadas entre pares de átomos, resíduos e cadeias. Ao todo, quatro tipos de interações são investigadas,sendo elas: pontes de hidrogênio, interações hidrofóbicas, pontes salinas e empilhamento aromático. Os resultados obtidos, juntamente com a obtenção da base de dados criada podem ser acessados através do endereço: http://homepages.dcc.ufmg.br/~pmartins/capri1/.
Abstract: Studies involving protein structures most often deal with a large amount of information. To understand the process of protein-protein interactions is necessary to study the processes that occur in their molecular interfaces. Interactions can be observed at the residue level, but it is known that they occur in reality at the atomic level. Several paradigms propose different ways to define atomic interactions, and it is known that it is necessary to compare these paradigms to improve our understanding of the molecular interactions allowing to expand our knowledge of the many mechanisms and cellular functions. Thus, we propose herethe CAPRI database for comparative analysis of three different paradigms that are used to define contacts in protein-protein interface. CAPRI has information of about 45,000 protein complexes containing data about interactions between pairs of atoms, residue and chains. Four types of interactions are investigated: hydrogen bonds, hydrophobic interactions, salt bridges and aromatic stacking. The results and the database can be accessed through the link: http://homepages.dcc.ufmg.br/~pmartins/capri1/.
Subject: Bioinformática
language: Português
Publisher: Universidade Federal de Minas Gerais
Publisher Initials: UFMG
Rights: Acesso Aberto
URI: http://hdl.handle.net/1843/BUOS-APTPBH
Issue Date: 31-Aug-2015
Appears in Collections:Dissertações de Mestrado

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