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http://hdl.handle.net/1843/ECJS-7FYN8K| Tipo: | Dissertação de Mestrado |
| Título: | Perfil genotípico do HCV em portadores de hepatite C em Belo Horizonte, Minas Gerais Brasil |
| Autor(es): | Carlos Perone |
| Primeiro Orientador: | Silvana Maria Eloi Santos |
| Primeiro Coorientador: | Rosangela Teixeira |
| Primeiro membro da banca : | Guilherme Correia Oliveira |
| Segundo membro da banca: | Pedro Guatimosim Vidigal |
| Resumo: | O vírus da Hepatite C (HCV), assim como outros vírus de RNA, é caracterizado pela alta heterogeneidade genômica. São identificados seis genótipos principais, que apresentam diferentes distribuições geográficas. A determinação do genótipo do HCV é essencial naprática clínica para determinar o regime terapêutico e as chances de resposta viral ao tratamento. Existem diferentes métodos de genotipagem, sendo o seqüenciamento nucleotídico do genoma do vírus o método de referência. Para fins diagnósticos, a região maisutilizada para genotipagem é a 5UTR, a mais conservada do genoma do HCV. No Brasil, os genótipos mais comuns são o 1, seguido do 3 e do 2. Todavia, a prevalência dos diferentes genótipos e subtipos varia consideravelmente dentro do país e ainda não é bem conhecida emalgumas regiões. MÉTODOS: Foi realizada análise prospectiva em 788 amostras de pacientes portadores de hepatite C crônica atendidos na rede pública em Belo Horizonte e encaminhados para testes de genotipagem ao Núcleo de Ações e Pesquisa em Apoio Diagnóstico (NUPAD) da Universidade Federal de Minas Gerais, entre 2002 e 2006. Aidentificação dos genótipos do HCV foi realizada por seqüenciamento direto da região 5 UTR, seguida de análise comparativa por alinhamento das seqüências obtidas com seqüências de referência do vírus. Adicionalmente, foi realizada análise filogenética de variantes obtidas dentro de cada genótipo. RESULTADOS: Foi analisado um total de 788 amostras, das quais foi realizada genotipagem em 777 (98,6%). Foi observada prevalência de 78,4% para o genótipo 1 (1b, 40,4%; 1a, 37.5% e 1a/b, 0.5%), seguido pelo genótipo 3a (17,9%) e pelo 2b(3,1%). Foram identificadas três amostras (0,4%) com o genótipo 2a/c e duas amostras (0,2%) com o genótipo 4. A análise filogenética mostrou a segregação esperada das seqüências obtidas junto às seqüências de referência para os genótipos1, 2, 3 e 4. No genótipo 1, a maioria das seqüências se agrupou como esperado e duas segregaram separadamente. As duas seqüências obtidas do genótipo 4 apresentaram maior similaridade com o subtipo 4t. CONCLUSÕES: Este estudo contribuiu para confirmar o desempenho do método degenotipagem do HCV utilizado no laboratório do NUPAD UFMG. A metodologia utilizada mostrou boa eficácia, com 98,6% de amostras seqüenciadas e genotipadas. A alta prevalência do genótipo 1 (78,4%) encontrada na população de Belo Horizonte é semelhante à járeportada em outras cidades, como Rio de Janeiro, mas superior à encontrada em São Paulo e no sul do país. A análise filogenética comprovou que a metodologia utilizada para a genotipagem do vírus permitiu discriminar com eficácia os genótipos 1, 2 e 3, os maisfreqüentes na nossa população, assim como também os isolados do genótipo 4. O achado de seqüências atípicas para a região 5UTR estudada e de mutações não descritas ou pouco freqüentes em diversas amostras sugere a possível existência de novos subtipos do vírus na nossa população. A classificação precisa destes isolados ou de genótipos pouco freqüentes no Brasil requer o seqüenciamento nucleotídico de outras regiões mais informativas do genoma do vírus. Os resultados apresentados nesta investigação mostram em detalhe o perfil genotípico do HCV em pacientes portadores de hepatite C crônica em Belo Horizonte e reforçam a necessidade de aprofundar as pesquisas sobre as características e a diversidade genômica do HCV no Brasil. |
| Abstract: | Hepatitis C virus (HCV), like other RNA virus, is characterized by a high genomic heterogeneity. To date, six different genotypes have been identified, with distinct geographical distribution. HCV genotype identification is essential in clinical practice, since therapeutic schedule and the probability of viral response are genotype-specific. The referencemethod is direct sequencing of viral genome. The highly conserved 5UTR region is frequently used for diagnostic purposes. Geographical distribution of HCV genotypes in Brazil shows high prevalence of genotype 1, follow by genotypes 3 and 2. However, the prevalence of genotypes and subtypes varies between different regions of the country and remains unknown in some regions. METHODOLOGY: A prospective analysis was carried out from 2002 to 2006 in 788 specimens of patients with chronic hepatitis C sent to a reference laboratory (NUPAD) in Belo Horizonte (MG) Brazil. The HCV genotype test was performed by direct sequencing of the 5UTR region, followed by comparative analysisthrough alignment with reference sequences of main viral genotypes. Additionally, phylogenetic analysis was performed including all representative variants and prototype 5UTR sequences. RESULTS: Genotyping was successful in 777 (98,6%) of 788 samples. Results showed a high prevalence (78,4%) of genotype 1 (1b:, 40,4%; 1a, 37.5% and 1a/b, 0.5%) followed by genotype 3a (17,9%) and 2b (3,1%). Three samples were identified as genotype 2 a/c and two as genotype 4. Phylogenetic analysis showed the expected cosegregation of selected sequences with reference 5UTR sequences of genotypes 1, 2, 3 and 4,except for two samples of genotype 1a. Both genotype 4 sequences had shown greater similarity with subtype 4t. CONCLUSIONS: This work contributed to confirm the effectiveness and accuracy of the methodology used for HCV genotyping in the NUPAD UFMG laboratory. The proportion of sequenced and genotyped samples (98,6%) demonstrated excellent performance of laboratory protocols. The high prevalence of genotype 1 (78,4%) found in Belo Horizonte was similar to the ones reported in other cities, but higher than the one found in São Paulo and the South of Brazil. Phylogenetic analysis provided support to genotyping assay in discriminating genotypes 1, 2 and 3, the most frequent inBrazil. Phylogenetic analysis also confirmed genotype 4 assignment in two samples. The finding of atypical 5UTR strains and mutations suggests the existence of new virus subtypes in our population. Nucleotide sequencing of more informative viral genome regions is needed for accurate classification of those isolates as well as other uncommon genotypes. The results presented here show in detail the genotypic profile of HCV in chronic hepatitis C carriers in Belo Horizonte and strengthen the necessity to increase researches regarding the genetic diversity of HCV in Brazil. |
| Assunto: | Genótipo Filogenia Hepacivirus/genética Hepacivirus/classificação Análise de sequência Regiçoes 5' não traduzidas/genética |
| Idioma: | Português |
| Editor: | Universidade Federal de Minas Gerais |
| Sigla da Instituição: | UFMG |
| Tipo de Acesso: | Acesso Aberto |
| URI: | http://hdl.handle.net/1843/ECJS-7FYN8K |
| Data do documento: | 28-Set-2007 |
| Aparece nas coleções: | Dissertações de Mestrado |
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