Bridging the gap between vertebrate cytogenetics and genomics with single-chromosome sequencing (ChromSeq)

Abstract

O estudo da evolução do genoma dos vertebrados enfrenta atualmente uma revolução, provocada pelas tecnologias de sequenciação da próxima geração que permitem aos investigadores produzir conjuntos de genoma quase completos e isentos de erros. No entanto, novas abordagens nem sempre fornecem uma ligação direta com informações sobre a evolução do genoma dos vertebrados obtidas a partir de abordagens citogenéticas. É útil preservar e vincular dados citogenéticos com novas descobertas genômicas. O sequenciamento de DNA de cromossomos isolados únicos (ChromSeq) é uma abordagem elegante para determinar o conteúdo cromossômico e atribuir conjuntos de genoma aos cromossomos, preenchendo assim a lacuna entre a citogenética e a genômica. O objetivo deste artigo é descrever como o ChromSeq pode apoiar o estudo da evolução do genoma dos vertebrados e como pode ajudar a vincular dados citogenéticos e genômicos. Mostramos exemplos importantes da aplicação do ChromSeq no refinamento de conjuntos de genomas de vertebrados e no estudo do cromossomo de vertebrados e da evolução do cariótipo. Também fornecemos uma visão geral da abordagem e um exemplo concreto de refinamento do genoma usando este método na espécie Anolis carolinensis.