LINE-1 and SINE-B1 mapping and genome diversification in Proechimys species (Rodentia: Echimyidae)
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Universidade Federal de Minas Gerais
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Resumo
This study aimed to understand the impact of LINE-1 and SINE-B1 retroelements on the architecture and karyotypic diversification of five rodent species of the genus Proechimys from different regions of the Amazon. Karyotype comparisons were performed using fluorescent interspecific in situ hybridization. The L1 and B1 retroelements showed a non-random arrangement and a conserved pattern when the genomes of the five species of Proechimys were compared, including the two cytotypes of Proechimys guyannensis. The signal homeology among the chromosomes and the degree of similarity among the formed clusters indicate rearrangements such as fusion/fission, and demonstrates that these retroelements can behave as derived characters shared in Proechimys. The differentiated distribution and organization of these retroelements in the karyotypes and in the chromosomal fiber, respectively, may represent a strong indication of their role as generating sources of karyotypic diversity in the genus Proechimys and provide insights into the evolutionary relationships between taxa.
Abstract
Este estudo teve como objetivo compreender o impacto dos retroelementos LINE-1 e SINE-B1 na arquitetura e diversificação cariotípica de cinco espécies de roedores do gênero Proechimys de diferentes regiões da Amazônia. As comparações de cariótipo foram realizadas utilizando hibridização in situ interespecífica fluorescente. Os retroelementos L1 e B1 apresentaram arranjo não aleatório e padrão conservado quando comparados os genomas das cinco espécies de Proechimys, incluindo os dois citótipos de Proechimys guyannensis. A homeologia do sinal entre os cromossomos e o grau de similaridade entre os agrupamentos formados indicam rearranjos como fusão/fissão, e demonstram que esses retroelementos podem se comportar como caracteres derivados compartilhados em Proechimys. A distribuição e organização diferenciada desses retroelementos nos cariótipos e na fibra cromossômica, respectivamente, pode representar um forte indício de seu papel como fonte geradora de diversidade cariotípica no gênero Proechimys e fornecer insights sobre as relações evolutivas entre os táxons.
Assunto
Elementos nucleotídeos longos e dispersos, Genômica, Mapeamento cromossômico, Roedor
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https://www.life-science-alliance.org/content/5/6/e202101104