Transcriptomic analysis reveals that RasGEF1b deletion alters basal and LPS-induced expression of genes involved in chemotaxis and cytokine responses in macrophages

Abstract

O membro 1b do fator de troca de nucleotídeos de guanina Ras (RasGEF1b) da família contendo o domínio RasGEF/CDC25 é expresso preferencialmente por macrófagos. No entanto, faltam informações sobre seu papel na função dos macrófagos. Neste estudo, geramos camundongos com deleção ubíqua de Rasgef1b e usamos transcriptômica baseada em RNA-seq para comparar a expressão gênica global em macrófagos derivados da medula óssea primária do tipo selvagem e knock-out em condições basais e após tratamento com lipopolissacarídeo (LPS). A filtragem transcricional identificou vários genes com níveis de transcrição significativamente diferentes entre macrófagos do tipo selvagem e knock-out. No total, 49 e 37 genes expressos diferencialmente foram identificados na linha de base e em macrófagos ativados por LPS, respectivamente. Processos biológicos distintos foram significativamente ligados a genes regulados negativamente na condição basal apenas, e incluíram amplamente quimiotaxia, resposta a citocinas e regulação positiva da atividade da GTPase. Importante, a validação por RT-qPCR revelou que a expressão de genes identificados como regulados negativamente após estimulação de LPS também foi diminuída nas células knock-out sob condições basais. Usamos um ensaio de repórter baseado em luciferase para mostrar a capacidade de RasGEF1b em ativar o promotor Serpinb2. Notavelmente, o knockdown de RasGEF1b em macrófagos RAW264.7 resultou em ativação transcricional prejudicada do promotor Serpinb2, tanto em condições constitutivas quanto estimuladas por LPS. Este estudo fornece uma pequena coleção de genes que mostra mudanças relativas de expressão efetuadas pela ausência de RasGEF1b em macrófagos. Assim, apresentamos a primeira evidência de que RasGEF1b medeia a regulação da expressão de genes tanto em estado estacionário quanto dependente de sinal e propomos que este GEF desempenha um papel na manutenção do nível transcricional basal em macrófagos.