Recounting the Fantom Cage-Associated Transcriptome
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Universidade Federal de Minas Gerais
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Artigo de periódico
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Recontando o transcriptoma associado ao Fantom Cage
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Resumo
Os RNAs não codificantes longos (lncRNAs) emergiram como coordenadores essenciais de processos biológicos e celulares. Caracterizar a expressão de lncRNAs em diferentes células e tecidos é fundamental para compreender seu papel na determinação de fenótipos, incluindo doenças humanas. Apresentamos aqui o FC-R2, um atlas de expressão abrangente para um transcriptoma humano amplamente definido, incluindo mais de 109.000 genes codificadores e não codificadores, conforme descrito no estudo FANTOM CAGE-Associated Transcriptome (FANTOM-CAT). Este atlas amplia significativamente a anotação gênica utilizada no recurso original recount2 . Demonstramos a utilidade do atlas FC-R2 reproduzindo achados importantes de grandes estudos publicados e gerando novos resultados em amostras humanas normais e patológicas. Em particular, (a) identificamos perfis de transcrição tecido-específicos para distintas classes de genes codificadores e não codificadores, (b) realizamos análises de expressão diferencial em treze tipos de câncer, identificando novos genes não codificadores potencialmente envolvidos na patogênese e progressão tumoral, e (c) confirmamos o valor prognóstico da expressão de vários lncRNAs enhancers no câncer. Nosso recurso é fundamental para a caracterização molecular sistemática de lncRNAs pelo Consórcio FANTOM6. Em conclusão, composto por mais de 70.000 amostras, o atlas FC-R2 permitirá que outros pesquisadores investiguem as funções e os papéis biológicos tanto de genes codificadores conhecidos quanto de novos lncRNAs.
Abstract
Long noncoding RNAs (lncRNAs) have emerged as key coordinators of biological and cellular processes. Characterizing lncRNA expression across cells and tissues is key to understanding their role in determining phenotypes, including human diseases. We present here FC-R2, a comprehensive expression atlas across a broadly defined human transcriptome, inclusive of over 109,000 coding and noncoding genes, as described in the FANTOM CAGE-Associated Transcriptome (FANTOM-CAT) study. This atlas greatly extends the gene annotation used in the original recount2 resource. We demonstrate the utility of the FC-R2 atlas by reproducing key findings from published large studies and by generating new results across normal and diseased human samples. In particular, we (a) identify tissue-specific transcription profiles for distinct classes of coding and noncoding genes, (b) perform differential expression analysis across thirteen cancer types, identifying novel noncoding genes potentially involved in tumor pathogenesis and progression, and (c) confirm the prognostic value for several enhancer lncRNAs expression in cancer. Our resource is instrumental for the systematic molecular characterization of lncRNA by the FANTOM6 Consortium. In conclusion, comprised of over 70,000 samples, the FC-R2 atlas will empower other researchers to investigate functions and biological roles of both known coding genes and novel lncRNAs.
Assunto
RNA longo não codificante, Atlas, Neoplasias, Genes
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Endereço externo
https://genome.cshlp.org/content/30/7/1073