Evolution and epidemic spread of SARS-CoV-2 in Brazil
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Universidade Federal de Minas Gerais
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Evolução e disseminação epidêmica do SARS-CoV-2 no Brasil
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Resumo
O Brasil enfrenta atualmente uma das epidemias de coronavírus da síndrome respiratória aguda grave 2 (SARS-CoV-2) de crescimento mais rápido do mundo. Devido à escassez de dados disponíveis, a avaliação do impacto de intervenções não farmacêuticas (INFs) na disseminação desse vírus permanece um desafio. Utilizando um modelo de transmissão baseado na mobilidade, demonstramos que as INFs reduziram o número de reprodução de >3 para 1 e para 1,6 em São Paulo e Rio de Janeiro. O sequenciamento de 427 novos genomas e a análise de um conjunto de dados genômicos geograficamente representativo identificaram mais de 100 introduções internacionais do vírus no Brasil. Estimamos que a maioria (76%) das cepas brasileiras pertencia a três clados introduzidos da Europa entre 22 de fevereiro e 11 de março de 2020. Durante a fase inicial da epidemia, observamos que a disseminação do SARS-CoV-2 ocorreu principalmente em âmbito local e dentro das fronteiras estaduais. Após esse período, apesar da acentuada redução nas viagens aéreas, estimamos múltiplas exportações a partir de grandes centros urbanos, que coincidiram com um aumento de 25% na distância média percorrida em voos domésticos. Este estudo lança nova luz sobre a transmissão epidêmica e as trajetórias evolutivas das linhagens do SARS-CoV-2 no Brasil e fornece evidências de que as intervenções atuais continuam insuficientes para manter a transmissão do vírus sob controle neste país.
Abstract
Brazil currently has one of the fastest-growing severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) epidemics in the world. Because of limited available data, assessments of the impact of nonpharmaceutical interventions (NPIs) on this virus spread remain challenging. Using a mobility-driven transmission model, we show that NPIs reduced the reproduction number from >3 to 1 to 1.6 in São Paulo and Rio de Janeiro. Sequencing of 427 new genomes and analysis of a geographically representative genomic dataset identified >100 international virus introductions in Brazil. We estimate that most (76%) of the Brazilian strains fell in three clades that were introduced from Europe between 22 February and 11 March 2020. During the early epidemic phase, we found that SARS-CoV-2 spread mostly locally and within state borders. After this period, despite sharp decreases in air travel, we estimated multiple exportations from large urban centers that coincided with a 25% increase in average traveled distances in national flights. This study sheds new light on the epidemic transmission and evolutionary trajectories of SARS-CoV-2 lineages in Brazil and provides evidence that current interventions remain insufficient to keep virus transmission under control in this country.
Assunto
SARS-CoV-2, COVID-19, Epidemiologia, Brasil
Palavras-chave
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Curso
Endereço externo
https://www.science.org/doi/10.1126/science.abd2161