Análise do conjunto de tRNA em Nucleocytoviricota
Carregando...
Data
Autor(es)
Título da Revista
ISSN da Revista
Título de Volume
Editor
Universidade Federal de Minas Gerais
Descrição
Tipo
Monografia de especialização
Título alternativo
Primeiro orientador
Membros da banca
Mateus Sá Magalhães Serafim
Resumo
Os vírus gigantes, tradicionalmente conhecidos como vírus grandes de DNA
nucleocitoplasmáticos (NCLDV), fazem parte do novo filo estabelecido em 2023 pelo
Comitê Internacional de Taxonomia de Vírus (ICTV), o filo Nucleocytoviricota. Os
longos genomas dos vírus gigantes codificam genes envolvidos no processo de
tradução de proteínas, como os RNA de transferência (tRNA) e as aminoacil tRNA
sintetases (aaRS). Esses componentes não foram relatados anteriormente em outros
vírus até o sequenciamento do genoma do primeiro vírus gigante de ameba, o
Mimivirus bradfordmassiliense (originalmente denominado como Acanthamoeba
polyphaga mimivírus - APMV). No presente trabalho foi possível fazer um estudo da
prevalência dos tRNA a partir de uma pesquisa em larga escala buscando por genes
de tRNA em genomas de grupos de vírus gigantes que infectam amebas de vida livre.
Foram descobertos que das setenta sequências depositadas no GenBank até
31/12/2022 oriundas de vírus isolados, quarenta e oito continham ao menos um gene
de tRNA. Essa distribuição se concentrou principalmente nos Tupanvírus, que são os
detentores do maior e mais diverso aparato de tradução, e nos Mimivírus, grupo com
um grande número de isolados. Encontrou-se grande diversidade na identidade do
anticódon, mas foi observado uma tendência entre os vírus para aqueles
correspondentes principalmente ao aminoácido leucina. A organização desses tRNA
em agrupamentos também foi alvo de análise e ocorreu em vírus com elevada
quantidade de tRNA codificados, como o Tupanvírus e o Yasminevírus. Os íntrons
contidos nesses genes também foram avaliados e fizeram-se presentes em trinta e
quatro genomas. Não foi possível traçar uma árvore filogenética dos tRNA em vírus
gigantes de amebas, mas pode-se observar que, em sua maioria, as sequências
apresentaram alta taxa de conservação entre os membros dos grupos ao qual
pertencem. Os dados obtidos neste trabalho demonstram a grande diversidade e
complexidade da maquinaria de tradução dos vírus gigantes. Análises envolvendo
outros componentes do aparato traducional fornecerão uma visão geral dessa área
ainda pouco explorada da genômica dos vírus gigantes.
Abstract
Giant viruses, commonly known as large nucleocytoplasmic DNA viruses (NCLDV),
are part of the new phylum established in 2023 by the International Committee on
Taxonomy of Viruses (ICTV), the phylum Nucleocytoviricota. The long genomes of
giant viruses encode genes involved in the process of protein translation, such as
transfer RNA (tRNA) and aminoacyl tRNA synthetases (aaRS). These components
were not previously reported in other viruses until the sequencing of the genome of the
first giant virus of amoeba, Mimivirus bradfordmassiliense (originally called
Acanthamoeba polyphaga Mimivirus - APMV). In the present work, it was possible to
study the prevalence of tRNA through a large-scale search for tRNA genes in the
genomes groups of giant viruses that infect free-living amoebas. It was found that the
seventy sequences deposited in GenBank from isolated viruses, forty-eight of them
contained at least one tRNA gene. This distribution was highly present in the
Tupanviruses, which have the largest translation apparatus, and the Mimiviruses, a
group with a great number of isolates. A considerable diversity was found in the
identification of the anticodon, however a tendency among the viruses towards those
corresponding mainly to the amino acid leucine more evident. The organization of
these tRNA into clusters was analyzed and occurred in viruses with a high number of
encoded tRNA, such as Tupanvirus and Yasminevirus. The introns contained in these
genes were also evaluated and were detected in thirty-four genomes. It was not
possible to build a phylogenetic tree of the tRNA in giant viruses, despite being that,
for the most part, the sequences showed a high rate of conservation among the
members of the groups to which they belong. The data obtained in this study
demonstrates the diversity and complexity of the translation machinery of giant viruses.
Further analyses involving other components of the translational apparatus could
provide a new overview of this still largely unexplored area of giant virus genomics.
Assunto
Microbiologia, RNA de Transferência, Vírus Gigantes
Palavras-chave
Aparato traducional, Genes de tRNA, Nucleocitovírus, Vírus gigantes, tRNA