Transcriptional landscape of PTEN loss in primary prostate cancer
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Universidade Federal de Minas Gerais
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Artigo de periódico
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Perfil transcricional da perda de PTEN no câncer de próstata primário
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Resumo
Contexto: PTEN é o gene supressor tumoral mais frequentemente perdido no câncer de próstata primário (CP) e sua perda está associada a uma doença agressiva. No entanto, as alterações transcricionais associadas à perda de PTEN no CP não foram descritas em detalhes. Neste estudo, destacamos as alterações transcricionais associadas à perda de PTEN no CP.
Métodos:
Utilizando uma abordagem de meta-análise, aproveitamos duas grandes coortes de câncer de próstata com status de PTEN e ERG validado experimentalmente por imuno-histoquímica (IHQ) para derivar uma assinatura transcriptômica da perda de PTEN , levando em consideração também potenciais fatores de confusão devido a rearranjos de ERG . Essa assinatura foi expandida para lncRNAs utilizando as quantificações do TCGA do atlas de expressão FC-R2.
Resultados:
As assinaturas indicam uma forte ativação dos sistemas imunológicos inato e adaptativo após a perda de PTEN , bem como uma ativação esperada de genes do ciclo celular. Além disso, utilizamos nosso atlas de expressão FC-R2, desenvolvido recentemente, para expandir essa assinatura e incluir muitos RNAs não codificantes anotados recentemente pelo consórcio FANTOM. Destacando potenciais novos lncRNAs associados à perda de PTEN e à progressão do câncer de próstata.
Conclusão:
Criamos uma assinatura específica para o câncer de próstata (PCa) do perfil transcricional da perda de PTEN , que abrange tanto a região codificadora quanto uma extensa região não codificadora, destacando potenciais novos atores na progressão do PCa. Também mostramos que, ao contrário do que é observado em outros tipos de câncer, a perda de PTEN no PCa leva ao aumento da ativação do sistema imunológico. Essas descobertas podem auxiliar no desenvolvimento de novos biomarcadores e orientar as escolhas terapêuticas.
Abstract
Background:
PTEN is the most frequently lost tumor suppressor in primary prostate cancer (PCa) and its loss is associated with aggressive disease. However, the transcriptional changes associated with PTEN loss in PCa have not been described in detail. In this study, we highlight the transcriptional changes associated with PTEN loss in PCa.
Methods:
Using a meta-analysis approach, we leveraged two large PCa cohorts with experimentally validated PTEN and ERG status by Immunohistochemistry (IHC), to derive a transcriptomic signature of PTEN loss, while also accounting for potential confounders due to ERG rearrangements. This signature was expanded to lncRNAs using the TCGA quantifications from the FC-R2 expression atlas.
Results:
The signatures indicate a strong activation of both innate and adaptive immune systems upon PTEN loss, as well as an expected activation of cell-cycle genes. Moreover, we made use of our recently developed FC-R2 expression atlas to expand this signature to include many non-coding RNAs recently annotated by the FANTOM consortium. Highlighting potential novel lncRNAs associated with PTEN loss and PCa progression.
Conclusion:
We created a PCa specific signature of the transcriptional landscape of PTEN loss that comprises both the coding and an extensive non-coding counterpart, highlighting potential new players in PCa progression. We also show that contrary to what is observed in other cancers, PTEN loss in PCa leads to increased activation of the immune system. These findings can help the development of new biomarkers and help guide therapy choices.
Assunto
Neoplasias da próstata, Genes supressores de tumor, RNA longo não codificante
Palavras-chave
Prostate cancer, PTEN deletion, PTEN loss, Non-coding RNA, lncRNA, Meta-analysis
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https://link.springer.com/article/10.1186/s12885-021-08593-y