Análise microbiológica de infecções endodônticas utilizando a associação das técnicas do Multiple Displacement Amplification (MDA) e da Hibridização DNA-DNA (Checkerboard)
Carregando...
Data
Autor(es)
Título da Revista
ISSN da Revista
Título de Volume
Editor
Universidade Federal de Minas Gerais
Descrição
Tipo
Dissertação de mestrado
Título alternativo
Primeiro orientador
Membros da banca
Ana Paula Vieira Colombo
Jacques Robert Nicoli
Jacques Robert Nicoli
Resumo
A técnica do Multiple Displacement Amplification (MDA) vem sendo utilizado para amplificar uniformemente o genoma bacteriano presente em pequenas amostras, fornecendo grandes melhorias nas análises moleculares. O propósito desta pesquisa foi associar o MDA e a hibridização DNA-DNA (checkerboard) para examinar a microbiota de infecções endodônticas. Sessenta e seis amostras foram coletadas de infecções endodônticas. As amostras não amplificadas e aquelas amplificadas pelo MDA foram analisadas pelo checkerboard para a determinação dos níveis e proporções de 77 taxas bacterianas. Computaram-se a contagem, percentagem do total de DNA e percentagem de dentes colonizados para cada espécie em amostras amplificadas e não amplificadas. As diferenças significantes para cada espécie entre as amostras amplificadas e não amplificadas foram determinadas utilizando-se o teste de Wilcoxon e ajustado para comparações múltiplas. A quantidade média de DNA presente nas amostras clínicas variou de 6,80 (± 5,2) ng sem amplificação a 6,26 (± 1,73) ìg após a utilização do MDA. Setenta das 77 sondas de DNA hibridizaram com uma ou mais das amostras não amplificadas, enquanto todas as sondas hibridizaram com no mínimo uma amostra após a amplificação. As espécies mais comumente detectadas no nível > 104 células bacterianas, nas amostras amplificadas e não amplificadas, foram Prevotella tannerae e Acinetobacter baumannii numa freqüência que variou de 89-100% das amostras. O número médio (± SEM) de espécies nas contagens >104 células bacterianas, nas amostras amplificadas, foi de 51,2 ± 2,2 e, nas não amplificadas, foi de 14,5 ± 1,7. A combinação do MDA e da hibridização DNA-DNA (checkerboard) demonstrou a presença de uma grande variedade de espécies bacterianas nas amostras endodônticas demonstrando sua utilidade naqueles estudos que avaliam a microbiota presente nas infecções endodônticas.
Abstract
Multiple Displacement Amplification (MDA) has been used to uniformly amplify bacterial genomes present in small samples, providing abundant targets for molecular analysis. The purpose of this investigation was to combine MDA and checkerboard DNA-DNA hybridization to examine the microbiota of endodontic infections. 66 samples were collected from teeth with endodontic infections. Non-amplified and MDA amplified samples were analyzed by checkerboard DNA-DNA hybridization for levels and proportions of 77 bacterial taxa. Counts, % DNA probe counts and % of teeth colonized for each species in amplified and non-amplified samples were computed. Significance of differences for each species between amplified and non- amplified samples was determined using the Wilcoxon signed ranks test and adjusted for multiple comparisons. The average amount of DNA present in clinical samples ranged from 6.80 (± 5.2) ng before to 6.26 (± 1.73) ìg after MDA. 70 of the 77 DNA probes hybridized with one or more of the non-amplified samples, while all probes hybridized with at least one sample after amplification. Most commonly detected species at levels > 104 in both amplified and non-amplified samples were Prevotella tannerae and Acinetobacter baumannii at frequencies ranging from 89-100% of samples. The mean number (± SEM) of species at counts >104 in amplified samples was 51.2 ± 2.2 and in non-amplified samples was 14.5 ± 1.7. The combination of MDA and checkerboard DNA-DNA hybridization demonstrated the presence of wide range of bacterial species in endodontic samples and could facilitate studies evaluating the microbiota of endodontic infections.
Assunto
Bactérias Identificação, Canal radicular Tratamento, Endodontia Microbiologia
Palavras-chave
sondas de DNA, bactérias, Infecção endodôntica, hibridização DNA-DNA (checkerboard), Multiple Displacement Amplification (MDA)