Yvis: antibody high-density alignment visualization and analysis platform with an integrated database
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Universidade Federal de Minas Gerais
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Artigo de periódico
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Yvis: plataforma de visualização e análise de alinhamento de alta densidade de anticorpos com banco de dados integrado
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Resumo
Como os anticorpos são uma ferramenta muito importante para diagnóstico, terapia e biologia experimental, um grande número de estruturas e sequências de anticorpos tornou-se disponível nos últimos anos. Portanto, ferramentas que permitam a análise, comparação e visualização dessa grande quantidade de dados de anticorpos são cruciais. Desenvolvemos a plataforma de visualização e análise de alinhamento de alta densidade de anticorpos (Yvis) para fornecer uma visualização de dados inovadora, robusta e de alta densidade de alinhamentos de sequências de anticorpos, chamada Collier de Diamants . A plataforma Yvis também fornece um banco de dados estrutural integrado, atualizado semanalmente, e diversas opções de busca e filtragem. Essa plataforma pode ajudar a formular hipóteses sobre os resíduos-chave em estruturas ou interações de anticorpos para melhorar a compreensão das propriedades dos anticorpos. A plataforma Yvis está disponível em http://bioinfo.icb.ufmg.br/yvis/ .
Abstract
As antibodies are a very important tool for diagnosis, therapy, and experimental biology, a large number of antibody structures and sequences have become available in recent years. Therefore, tools that allow the analysis, comparison, and visualization of this large amount of antibody data are crucially needed. We developed the antibody high-density alignment visualization and analysis (Yvis) platform to provide an innovative, robust and high-density data visualization of antibody sequence alignments, called Collier de Diamants. The Yvis platform also provides an integrated structural database, which is updated weekly, and many different search and filter options. This platform can help to formulate hypotheses concerning the key residues in antibody structures or interactions to improve the understanding of antibody properties. The Yvis platform is available at http://bioinfo.icb.ufmg.br/yvis/.
Assunto
Anticorpos, Biologia computacional, Base de dados, Análise de dados
Palavras-chave
Plataforma Yvis
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Endereço externo
https://academic.oup.com/nar/article/47/W1/W490/5491741