Whole genome sequencing of the pirarucu (arapaima gigas) supports independent emergence of major teleost clades

Abstract

O Pirarucu (Arapaima gigas) é um dos maiores peixes de água doce do mundo e membro da superordem Osteoglossomorpha (bonytongues), uma das mais antigas linhagens de peixes raiados. Esta espécie é um respirador aéreo obrigatório encontrado na bacia do rio Amazonas com um potencial atrativo para a aquicultura. Sua posição filogenética entre os peixes ósseos torna o Pirarucu um assunto relevante para estudos evolutivos da diversificação dos primeiros teleósteos. Aqui nós apresentar, pela primeira vez, uma versão preliminar do genoma do A. gigas, fornecendo informações úteis para e estudos evolutivos. O genoma de A. gigas foi montado com leituras brutas de 103 Gb sequenciadas em uma plataforma Illumina. O projeto final de montagem do genoma foi de 661 Mb, com um contig N50 igual a 51,23 kb e scaffold N50 de 668 kb. Repita sequências representaram 21,69% de todo o genoma, e um total de 24.655 genes codificadores de proteínas foram previstos a partir de a montagem do genoma, com uma média de nove éxons por gene. A análise filogenômica baseada em 24 espécies de peixes apoiou a postulação de que Osteoglossomorpha e Elopomorpha (enguias, tarpons e bonefishes) são grupos irmãos, ambos formando uma linhagem irmã em relação a Clupeocephala (teleósteos restantes). As estimativas de tempo de divergência sugeriram que As linhagens Osteoglossomorpha e Elopomorpha surgiram independentemente em um período de 30 Myr no Jurássico. O rascunho genoma de A. gigas fornece um valioso recurso genético para futuras investigações de estudos evolutivos e também pode oferecer um dado valioso para aplicações econômicas.