Disease dynamics of Streptococcus agalactiae and Francisella orientalis infections in Nile tilapia (Oreochromis niloticus) farming in Brazil

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Universidade Federal de Minas Gerais

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Tese de doutorado

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Dinâmica das infecções por Streptococcus agalactiae e Francisella orientalis em produções de tilápia-do-Nilo (Oreochromis niloticus) no Brasil

Membros da banca

Marina Karina de Veiga Cabral Delphino
Frederico Augusto de Alcantara Costa
Rodrigo Otavio Silveira Silva
Rafael Romero Nicolino

Resumo

Nile tilapia (Oreochromis niloticus) is the cornerstone of Brazil’s aquaculture sector, yet its intensive farming is increasingly threatened by bacterial diseases, notably Streptococcus agalactiae and Francisella orientalis. This thesis addresses the temporal and spatial dynamics of these pathogens in Brazilian tilapia production, as well as elaborates on temperature and fish weight as risk factors and further explores the importance of coinfections in tilapia and concurrent infections in tilapia production units. The thesis has two chapters. The first chapter presents a comprehensive literature review on the structure of the national tilapia industry and explores the environmental persistence, transmission routes, and key ecological and management factors influencing the occurrence of S. agalactiae and F. orientalis. It also discusses the challenges posed by coinfections. The second chapter consists of an original scientific study titled “Seasonal and regional dynamics of Streptococcus agalactiae and Francisella orientalis in Brazilian tilapia: A six-year national study”. This is the first nationwide epidemiological analysis of these pathogens in Brazil, based on bacteriological examinations and data collected from commercial farms over six years. Pathogen seasonality was assessed via Average Seasonal Index (ASI), while spatial patterns were examined using cluster analysis. F. orientalis cases were modeled via the Bernoulli approach, categorizing samples as case or non-case, whereas S. agalactiae cases were modeled using a multinomial framework to classify infections by serotype Ib, serotype III, or both. Logistic regression models were developed to predict risk based on water temperature and median fish weight. The results identify S. agalactiae serotype Ib as the dominant strain, with serotype III emerging predominantly in the Northeast. F. orientalis exhibited higher frequency in cooler regions. Seasonality was evident, with S. agalactiae demonstrating minimal occurrence in August, and F. orientalis peaking in July. Spatial analysis revealed significant clustering of S. agalactiae Ib and F. orientalis in São Paulo, and concurrent infections involving S. agalactiae Ib and III in the Northeast. Temperature and fish weight were key risk factors, influencing pathogen distribution in contrasting ways. Coinfection and concurrent infections trends (occurring in the same productive unit) were also detected, providing strategic insights for targeted surveillance, vaccine development, and regional biosecurity planning. Together, the chapters underscore the urgent need for integrated disease management approaches, enhanced diagnostic and reporting systems, and region-specific strategies to mitigate health risks in tilapia farming. This work fills a critical gap in the understanding of aquatic epidemiology in Brazil and offers a scientific foundation for informed policy and sustainable aquaculture development.

Abstract

A tilápia-do-Nilo (Oreochromis niloticus) é a principal espécie da aquicultura brasileira. Contudo, seu cultivo intensivo tem sido cada vez mais ameaçado por doenças bacterianas, especialmente Streptococcus agalactiae e Francisella orientalis. Esta tese investiga a dinâmica temporal e espacial desses patógenos na produção brasileira de tilápia, analisando a temperatura e o peso dos peixes como fatores de risco, além de explorar a importância das coinfecções em tilápias e das infecções concomitantes em fazendas. Dividida em dois capítulos, a tese inicia com um capítulo de revisão bibliográfica sobre a estrutura da cadeia produtiva da tilápia. Discute a persistência ambiental e as vias de transmissão de S. agalactiae e F. orientalis, assim como os principais fatores ambientais que influenciam sua ocorrência, além dos desafios impostos pelas coinfecções. O segundo capítulo é um estudo científico intitulado “Seasonal and regional dynamics of Streptococcus agalactiae and Francisella orientalis in Brazilian tilapia: A six-year national study”. Este trabalho é a primeira análise epidemiológica em escala nacional sobre esses patógenos no Brasil, baseada em exames bacteriológicos e dados coletados de unidades produtivas comerciais ao longo de seis anos. A sazonalidade dos patógenos foi avaliada por Índice Sazonal Médio, enquanto os padrões espaciais foram examinados por análise de clusters. Para os casos de F. orientalis foi utilizada a abordagem Bernoulli, categorizando as amostras como caso ou não caso; já para os casos de S. agalactiae foi utilizado um modelo multinomial, classificando os casos como sorotipo Ib, sorotipo III ou ambos. Modelos de regressão logística foram desenvolvidos para prever o risco com base na temperatura da água e no peso mediano dos peixes. Os resultados identificam S. agalactiae sorotipo Ib como o agente predominante, com o sorotipo III delimitado na região Nordeste. F. orientalis apresentou maior frequência em regiões frias. A sazonalidade ficou evidente, com S. agalactiae demonstrando menor ocorrência em agosto, enquanto F. orientalis atingiu o pico de casos em julho. A análise espacial revelou clusters significativos de casos de S. agalactiae Ib e F. orientalis no estado de São Paulo, além de infecções concomitantes envolvendo S. agalactiae Ib e III no Nordeste. Temperatura e peso dos peixes foram identificados como fatores de risco, influenciando de forma contrastante a distribuição dos patógenos. Padrões de coinfecções e infecções concomitantes (ocorrendo na mesma unidade produtiva) também foram detectadas. Em conjunto, os capítulos ressaltam a necessidade urgente de abordagens integradas para o manejo de doenças, sistemas aprimorados de diagnóstico e notificação, e estratégias regionais para mitigar riscos sanitários na tilapicultura. Este trabalho preenche uma lacuna na compreensão da epidemiologia de doenças de animais aquáticos no Brasil e oferece uma base científica para formulação de políticas e desenvolvimento sustentável da aquicultura.

Assunto

Ciência Animal

Palavras-chave

Epidemiologia, Ciência Animal, Tilápia

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