Complete assembly, annotation of virulence genes and CRISPR editing of the genome of Leishmania amazonensis PH8 strain

Abstract

Relatamos o sequenciamento e a montagem da cepa PH8 de Leishmania amazonensis, um dos agentes etiológicos da leishmaniose. Após combinar dados de leituras longas de Pacbio, leituras curtas de Illumina e sintenia com o genoma de Leishmania mexicana, a sequência de 34 cromossomos com 8317 genes anotados foi gerada. Famílias multigênicas que codificam três fatores de virulência, A2, amastinas e as metaloproteases GP63, foram identificadas e comparadas com suas anotações em outras espécies de Leishmania. Como foram recentemente reconhecidos como fatores de virulência essenciais para o estabelecimento da doença e progressão da infecção, também identificamos 14 genes que codificam proteínas envolvidas no metabolismo do ferro e do heme do parasita e comparamos com genes de outros tripanossomatídeos. Para acompanhar esses estudos com uma abordagem genética para abordar o papel dos fatores de virulência, testamos dois protocolos CRISPR-Cas9 para gerar linhas celulares knockout de L. amazonensis, usando o gene transportador de Miltefosina como prova de conceito.