Fragment binding to the Nsp3 macrodomain of SARS-CoV-2 identified through crystallographic screening and computational docking

Abstract

O macrodomínio do coronavírus 2 da síndrome respiratória aguda grave (SARS-CoV-2) dentro da proteína não estrutural 3 neutraliza a sinalização antiviral de adenosina difosfato-ribosilação mediada pelo hospedeiro. Esta enzima é um alvo antiviral promissor porque as mutações catalíticas tornam os vírus não patogênicos. Aqui, relatamos um esforço massivo de triagem cristalográfica e encaixe computacional, identificando nova matéria química visando principalmente o sítio ativo do macrodomínio. A triagem cristalográfica de 2533 fragmentos diversos resultou em 214 ligantes de macrodomínio exclusivos. Mais 60 moléculas foram selecionadas do encaixe de mais de 20 milhões de fragmentos, dos quais 20 foram confirmados cristalograficamente. A coleta de dados de raios X em resolução ultra-alta e em temperatura fisiológica permitiu a avaliação da heterogeneidade conformacional ao redor do sítio ativo. Vários fragmentos acertos foram confirmados por ligação de solução usando três técnicas biofísicas (fluorimetria de varredura diferencial, fluorescência homogênea resolvida no tempo e calorimetria de titulação isotérmica). As 234 estruturas de fragmentos exploram uma ampla gama de quimiotipos e fornecem pontos de partida para o desenvolvimento de inibidores potentes do macrodomínio SARS-CoV-2.