DNA/RNA hybrid mesoscopic model shows strong stability dependence with deoxypyrimidine content and stacking interactions similar to RNA/RNA

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Tipo:	Artigo de Periódico
Título:	DNA/RNA hybrid mesoscopic model shows strong stability dependence with deoxypyrimidine content and stacking interactions similar to RNA/RNA
Autor(es):	Erik de Oliveira Martins Vivianne Basílio Barbosa Gerald Weber
Resumo:	Despite the importance of DNA/RNA hybrids, a mesoscopic approach is still missing. We developed a mesoscopic model for DNA/RNA hybrids and obtained the complete parametrization from published melting temperatures. The new parameters show very clearly the reduced strength of the hydrogen bond of dArU base pairs, resulting in a weakened stabilization of the double helix and a strong stability dependence on deoxypyrimidine content. The stacking parameters show no correlation to B-DNA, however we obtain a moderate correlation to A-RNA. We discuss some example sequences with variable deoxypyrimidine contents and for polipurine tracts (PPT).
Assunto:	Biofísica Ácido desoxirribonucleico DNA Hidrogênio
Idioma:	eng
País:	Brasil
Editor:	Universidade Federal de Minas Gerais
Sigla da Instituição:	UFMG
Departamento:	ICX - DEPARTAMENTO DE FÍSICA
Tipo de Acesso:	Acesso Restrito
Identificador DOI:	https://doi.org/10.1016/j.cplett.2018.11.015
URI:	http://hdl.handle.net/1843/65107
Data do documento:	2019
metadata.dc.url.externa:	https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0009261418309291?via%3Dihub
metadata.dc.relation.ispartof:	Chemical Physics Letters
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