Screening and characterization of prophages in desulfovibrio genomes
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Universidade Federal de Minas Gerais
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Artigo de periódico
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Triagem e caracterização de profagos em genomas de desulfovibrio
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Resumo
Bacteria of the genus Desulfovibrio belong to the group of Sulphate Reducing Bacteria (SRB). SRB
generate signifcant liabilities in the petroleum industry, mainly due to their ability to microbiologically
induce corrosion, bioflm formation and H2S production. Bacteriophages are an alternative control
method for SRB, whose information for this group of bacteria however, is scarce. The present study
developed a workfow for the identifcation of complete prophages in Desulfovibrio. Poly-lysogenesis
was shown to be common in Desulfovibrio. In the 47 genomes analyzed 53 complete prophages
were identifed. These were classifed within the order Caudovirales, with 69.82% belonging to the
Myoviridade family. More than half the prophages identifed have genes coding for lysozyme or holin.
Four of the analyzed bacterial genomes present prophages with identity above 50% in the same strain,
whose comparative analysis demonstrated the existence of colinearity between the sequences. Of
the 17 closed bacterial genomes analyzed, 6 have the CRISPR-Cas system classifed as inactive. The
identifcation of bacterial poly-lysogeny, the proximity between the complete prophages and the
possible inactivity of the CRISPR-Cas in closed bacterial genomes analyzed allowed the choice of polylysogenic strains with prophages belonging to the Myoviridae family for the isolation of prophages and
testing of related strains for subsequent studies.
Abstract
As bactérias do gênero Desulfovibrio pertencem ao grupo das Bactérias Redutoras de Sulfato (SRB). SRB
geram passivos signifcativos na indústria do petróleo, principalmente devido à sua capacidade de
induzir corrosão, formação de biofilme e produção de H2S. Bacteriófagos são uma alternativa de controle
método para SRB, cuja informação para este grupo de bactérias, entretanto, é escassa. O presente estudo
desenvolveu um fluxo de trabalho para a identificação de profagos completos em Desulfovibrio. Poli-lisogênese
mostrou ser comum em Desulfovibrio. Nos 47 genomas analisados 53 profagos completos
foram identificados. Estes foram classificados dentro da ordem Caudovirales, com 69,82% pertencentes à
Família Mioviridade. Mais da metade dos profagos identificados possuem genes que codificam para lisozima ou holina.
Quatro dos genomas bacterianos analisados apresentam profagos com identidade acima de 50% na mesma cepa,
cuja análise comparativa demonstrou a existência de colinearidade entre as sequências. Do
dos 17 genomas bacterianos fechados analisados, 6 têm o sistema CRISPR-Cas classificado como inativo. o
identificação da polilisogenia bacteriana, a proximidade entre os profagos completos e o
possível inatividade do CRISPR-Cas em genomas bacterianos fechados analisados permitiu a escolha de cepas polilisogênicas com profagos pertencentes à família Myoviridae para o isolamento de profagos e
testes de cepas relacionadas para estudos subsequentes.
Assunto
Bactérias Redutoras de Sulfato (SRB), Desulfovibrio, Bactérias
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https://www.nature.com/articles/s41598-018-27423-z