Screening and characterization of prophages in desulfovibrio genomes

Abstract

As bactérias do gênero Desulfovibrio pertencem ao grupo das Bactérias Redutoras de Sulfato (SRB). SRB geram passivos signifcativos na indústria do petróleo, principalmente devido à sua capacidade de induzir corrosão, formação de biofilme e produção de H2S. Bacteriófagos são uma alternativa de controle método para SRB, cuja informação para este grupo de bactérias, entretanto, é escassa. O presente estudo desenvolveu um fluxo de trabalho para a identificação de profagos completos em Desulfovibrio. Poli-lisogênese mostrou ser comum em Desulfovibrio. Nos 47 genomas analisados ​​53 profagos completos foram identificados. Estes foram classificados dentro da ordem Caudovirales, com 69,82% pertencentes à Família Mioviridade. Mais da metade dos profagos identificados possuem genes que codificam para lisozima ou holina. Quatro dos genomas bacterianos analisados ​​apresentam profagos com identidade acima de 50% na mesma cepa, cuja análise comparativa demonstrou a existência de colinearidade entre as sequências. Do dos 17 genomas bacterianos fechados analisados, 6 têm o sistema CRISPR-Cas classificado como inativo. o identificação da polilisogenia bacteriana, a proximidade entre os profagos completos e o possível inatividade do CRISPR-Cas em genomas bacterianos fechados analisados ​​permitiu a escolha de cepas polilisogênicas com profagos pertencentes à família Myoviridae para o isolamento de profagos e testes de cepas relacionadas para estudos subsequentes.