Survey of SARS-CoV-2 genetic diversity in two major Brazilian cities using a fast and affordable Sanger sequencing strategy
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Universidade Federal de Minas Gerais
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Resumo
Genetic variants of SARS-CoV-2 have been emerging and circulating in many places across the world. Rapid detection of these variants is essential since their dissemination can impact transmission rates, diagnostic procedures, disease severity, response to vaccines or patient management. Sanger sequencing has been used as the preferred approach for variant detection among circulating human immunodeficiency and measles virus genotypes. Using primers to amplify a fragment of the SARS-CoV-2 genome encoding part of the Spike protein, we showed that Sanger sequencing allowed us to rapidly detect the introduction and spread of three distinct SARS-CoV-2 variants in two major Brazilian cities. In both cities, after the predominance of variants closely related to the virus first identified in China, the emergence of the P.2 variant was quickly followed by the detection of the P1 variant, which became dominant in less than one month after it was first detected.
Abstract
Variantes genéticas do SARS-CoV-2 têm surgido e circulado em muitos lugares do mundo. A detecção rápida dessas variantes é essencial, pois sua disseminação pode impactar as taxas de transmissão, os procedimentos diagnósticos, a gravidade da doença, a resposta às vacinas ou o manejo do paciente. O sequenciamento Sanger tem sido usado como a abordagem preferencial para a detecção de variantes entre os genótipos circulantes do vírus da imunodeficiência humana e do sarampo. Usando primers para amplificar um fragmento do genoma do SARS-CoV-2 que codifica parte da proteína Spike, mostramos que o sequenciamento Sanger nos permitiu detectar rapidamente a introdução e a disseminação de três variantes distintas do SARS-CoV-2 em duas grandes cidades brasileiras. Em ambas as cidades, após a predominância de variantes intimamente relacionadas ao vírus identificadas pela primeira vez na China, o surgimento da variante P.2 foi rapidamente seguido pela detecção da variante P1, que se tornou dominante em menos de um mês após sua primeira detecção.
Assunto
Sars-Cov-2, COVID-19, Glicoproteína da espícula de coronavírus
Palavras-chave
Sars-Cov-2, Genetic variants, Spike, Sanger sequencing
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Endereço externo
https://www.sciencedirect.com/journal/genomics/vol/113/issue/6