Survey of SARS-CoV-2 genetic diversity in two major Brazilian cities using a fast and affordable Sanger sequencing strategy

Abstract

Variantes genéticas do SARS-CoV-2 têm surgido e circulado em muitos lugares do mundo. A detecção rápida dessas variantes é essencial, pois sua disseminação pode impactar as taxas de transmissão, os procedimentos diagnósticos, a gravidade da doença, a resposta às vacinas ou o manejo do paciente. O sequenciamento Sanger tem sido usado como a abordagem preferencial para a detecção de variantes entre os genótipos circulantes do vírus da imunodeficiência humana e do sarampo. Usando primers para amplificar um fragmento do genoma do SARS-CoV-2 que codifica parte da proteína Spike, mostramos que o sequenciamento Sanger nos permitiu detectar rapidamente a introdução e a disseminação de três variantes distintas do SARS-CoV-2 em duas grandes cidades brasileiras. Em ambas as cidades, após a predominância de variantes intimamente relacionadas ao vírus identificadas pela primeira vez na China, o surgimento da variante P.2 foi rapidamente seguido pela detecção da variante P1, que se tornou dominante em menos de um mês após sua primeira detecção.